既然“医者意也”是一种科学的思维形式，那末如何应用于辨证施治呢？裘氏欣赏吴鞠通提出的“进与病谋，退与心谋”，为我们提供了良好的示范。
所谓“进与病谋”，就是反复进行临床实践，潜心体察和研究。医学是一门应用科学，医生只有投身临床，广泛接触各种疾病，深入观察疾病的演变规律，并在防治疾病的实践中积累感性的知识。所谓“退与心谋”，就是要深入思考。“心之官则思”，善于用心思老者，才能达到意会和领悟。吴鞠通着《温病条辨》，也是“十阅春秋，然后有得”。通过“病”与“心”的反复谋合，才在对温病学的研究中有所建树。这是他精炼地总结著书过程中思维的经验，强调既要在实践中深入研究疾病，又要善于在独立思考中领悟治法。
《素问·八正神明论》有一段精彩的论述可以作为“医者意也”的良好注脚。“神乎神，耳不闻，目明心开而志先，慧然独悟，口弗能言，俱视独见，适若昏，昭然独明。”这里描述了一种只能心领神会而无法言传的独悟意境，它是科学研究过程中思维活动的一种感知。这一思维方式是通过长期临床实践，获取经验，广泛摄取知识，潜心思索，从借复杂的现象中，寻找出事物本质的真谛，是认识上的一次升华。当代美国科学家波拉尼将知识分为可言明的和未可言明的两大类。前者可以相互转达，共同分享，是客观的、非个人化的，这种知识只是知识的表层；后者是个人化的，难以言传的，属于知识的深层。从事科学研究的人正是在个人的长期努力中逐渐感悟到一些进入个人意识中的思维技能和习惯。(《中国社会科学院研究生院学报》1989年第2期)。孙思邈曾强调医艺难精，“既非神授，何以得其精微？”他说：“学者必须博极医源，精勤不倦”，“寻思妙理，留意钻研”，“省病诊疾，至意深心，详察形候，丝膏勿失，处判针药，无得参差，虽曰病宜速效，要须临事不惑，唯当审谛覃思”(《千金方》)。可见，“医者意也”，并非是神秘莫测的唯心论的东西，它是经过长期深入钻研中医学理论和临床，勤于思考，才能达到的境界，也是一个临床医生必须练就的一项基本功。中医学并不是一种简单的技艺，而是一门具有高深理论体系的科学，所以仅有感性知识是不够的，还必须将实践中获得的材料经，过理性思考，多多“加意”，才能上升为理论，并不断充实和发展。因此，中医学中“医者意也”的含义是意味深长的。
裘氏曾经深有感触地说：“医者意也”一辞，如浅手言之，它是学习医学的一个起码而又必备的条件；若深手言之，乃是达到一定造诣或者有所创造发明的一个重要保证，它虽是短短的一句话，确是“不废江湖万古流”的。