为了澄清“医者意也”一辞的本意，裘氏作了详尽的考订。其实，汉代名医郭玉说得很清楚：“医之为言意也，腠理至微，随气用巧，针石之间，葶芒即乖。”医学的道理至精至微，医生在临症施治时应慎重和细致，切不可轻率马虎，如果稍有不谨，就会“毫芒即乖。”许胤宗说：“医特意耳，思虑精而得之。”意乃指精湛的思虑而言。《素问·金匮真言论》也说：“谨察五脏六腑，一逆一从，阴阳表里，雌雄之纪，藏之心意，合于心精。”意思是说诊察疾病必须谨慎细致地观察人体脏腑阴阳的偏胜、逆从情况，专心致意，用心思考，才能作出精密的判断。《续医说·吴恩序》中的一段话更能说明问题：“医者理也，理者意也……理言治，意言识，得理与意，料理于未见，曰医。”医者意也，就是用意以求理，医理难穷，则用意有加，所以只有“思虑精则得之”。
裘氏通过探本溯源，阐释了“医者意也”的本义，并不是意味着医生在诊病时可以随便臆想臆断，恰恰要求医生在获取大量临床资料基础上，认真分析现象与本质、一般与特殊，通过殚精竭虑的思考，从而对疾病作出判断的过程。这个“意”，实质上就是今天我们所称的科学思维，是认识疾病，立方遣药，推进中医学术发展的一不可缺少的思维方式。