乘飞机旅行可能带来潜在的医学问题或使某些疾病恶化，然而，很少有因此而禁止飞行。可能需要禁止飞行的疾病包括：气胸、结核病引起的肺部损害、传染其他乘客的疾病和空气少量的膨胀都能引起组织损伤的情况，例如，肠手术后10天内。有些情况需要在飞行前作出安排，采取预防措施。例如做过结肠造瘘术的人，应准备较大的粪袋，可能排泄物比以前增多。
航空旅行有关的问题涉及气压变化、氧气量减少、湍流、体内生物钟破坏（飞行时差），以及心理或生理紧张等。
气压变化
现代喷气式飞机舱内压力保持在较低的水平，与相当于舱外约1500～2500米的大气压相平衡。在这种水平，体内某些腔隙中，如肺、内耳、鼻窦和肠道聚积的空气大约要膨胀25％。空气膨胀有时会加重某些病情，如肺气肿、耳咽管阻塞、慢性鼻窦炎。当飞机因意外，机舱压力减低或是机舱无加压条件（如某些小型飞机）时，这类问题特别严重。
飞机飞行时，耳对压力变化一般都有感觉。这是由于内耳与外耳间的压力差增加，引起鼓膜膨出。最后，让空气通过耳咽管进出中耳，使压力得以平衡。感冒或过敏性疾病产生分泌物和粘膜肿胀阻塞耳咽管，空气逐渐积聚在中耳内产生压力和疼痛（航空性中耳炎）（见第212节），但很少发生耳膜破裂。与此相似，空气聚积在鼻窦内，引起面部疼痛（航空性鼻窦炎）。
飞机下降时，不断地作吞咽动作或打呵欠，以及在飞行前和飞行期间减轻充血，可以防止或减轻这些症状。儿童特别容易患航空性中耳炎，在飞机起飞或下降时为鼓励吞咽动作，可给他们嚼口香糖、吮硬糖或喝饮料；给婴儿喂奶或吸橡皮奶头。
氧压降低
机舱内相对较低的压力也导致氧压降低，引起各种问题。氧水平较低对严重肺部疾患，如肺气肿、囊性纤维变性、心脏衰竭、严重贫血、严重心绞痛、镰状细胞疾病或某些先天性心脏疾病的患者特别麻烦。如能给这些病人输氧，可以安全飞行。在心肌梗塞后10天至14天，通常就能航空旅行。飞行途中，有呼吸疾患的人不应吸烟或喝酒，因为吸烟、喝酒能加重缺氧。一般来说，能步行30米或能走上飞机舷梯的人，能耐受普通机舱飞行，不用吸氧。
湍流
湍流可能引起航空病或外伤。有患航空病倾向的人服用一片晕海宁或用东莨菪药膏贴敷皮肤可能有效。但这些药物也可能引起一些不良反应，特别是对老年人。药膏较少引起不良反应。为了防止外伤，乘客在坐位上应系上安全带。
飞行时差
跨越几个时区的高速飞行会引起很多生理和心理紊乱，称为飞行时差（生物钟节律失调）。在启程前逐渐改变进餐和睡觉的规律可以减轻生理节律失调。服药时间也需要调整；例如两次服药间隔的时间应按实际过去的时间计算，如每8小时，而不是按当地时间计算。用长效胰岛素的糖尿病患者应调整胰岛素使用的规律，直到患者能适应新时区的食物和活动变化，在几天内按时区的改变逐步建立起新的规律。在动身前，应与医生一起制定服药与饮食的计划表并带上血糖水平测量仪。
心理紧张
惧怕飞行和幽闭恐怖的人飞行时可能引起忧虑。催眠术和行为改变心理疗法对有些人可能有益。在飞行前和飞行中服用镇静剂可以减轻恐惧心理。
某些精神病人的异常行为在飞行中可能加重，因此，对有暴力或不可预见行为倾向的精神病人必须有护理人员陪伴，而且在飞行前要给他们服用镇静药。
其他预防措施
心脏起搏器和金属人造假肢、牙托或骨髓针都可能触发机场安全检查的金属探测器；但新式的起搏器可以不受这种探测器的干扰。为了避免安检时的误会，有这类装置的人，应携带医生说明情况的证明文件。
长时间保持坐位的人，形成下肢血栓的危险增加。孕妇和血液循环不良的人尤其危险。每隔1～2小时在机舱内走动一会或坐着做一些收缩、放松腿部肌肉的活动，有助于保持血流通畅。
由于机舱里湿度低（约为5％），可引起脱水，应多喝水，避免饮酒，因为饮酒使脱水更严重。戴隐形眼镜的人应经常用人工泪液润湿镜片，减少空气干燥的影响。
特殊饮食，包括低盐、低脂和糖尿病人的饮食，需要事先要求航空公司准备。
旅行者应把必备药品放在随身携带的手提袋内，而不要放在托运行李中，以便在行李遗失、被盗或误点时，也能正常治疗。药物应放在原有的包装中。如果旅行时必须携带麻醉药品、大量的某一种药品或注射器时，应有医生证明，以免被安检或海关人员扣押。旅行者最好携带自己的病历摘要。包括心电图结果，以备发病时使用。可能有潜在意识丧失的人，如癫痫病人，应戴有医务标识身份证明的手镯或项圈。
正常妊娠在8个月内，都可以乘飞机旅行。高危险妊娠孕妇，应与她们的医生讨论旅行计划，经同意后方能旅行。妊娠9个月时航空旅行需要在出发前72小时内经医生证明才能登机，并要注明预产期。安全带应系在股部，不要横跨腹部，以免损伤子宫。
出生7天以内的婴儿不准乘飞机。患先天性心脏病或肺部疾病、贫血病等慢性疾病的儿童乘飞机时，注意事项与成人相同。空中旅行没有年龄的上限。
航空公司为适应残疾人需要，提供很多服务。在营运航班上，可提供轮椅、担架和急救服务。如有经训练的医护人员陪同，有的还可以接纳需要携带特殊医疗设备，如静脉输液、机械式呼吸器等的患者。但至少应在飞行前72小时商定。
有关航空旅行的资料和规定可以从各主要航空公司医务部获取。
国外旅行
每年有几百万人出国旅游或工作，大约1/30的人因疾病或外伤需要救治。饮用受污染的水，包括冰和饮料，或吃了未熟的、烹调不当的食物，可能引起胃肠道感染，某些性接触导致艾滋病和其他性传播疾病。交通事故，特别是夜间，溺水等都是到国外旅游死亡或外伤的常见原因。不同的国家和地区对旅游者健康带来的影响不同；疾病控制和预防中心能提供最新的健康咨询。
预防接种
准备出国旅行的人，应根据所到的目的地，进行相应的预防接种。通常，旅行时间3周以上，到发展中国家的几个目的地，去农村旅行或同当地人一起工作，都需要作更多的准备。有些疫苗需要在旅行前2～12周进行接种，因此，旅行者应事先了解预防接种有关问题。