虽然细菌感染也可引起发热，但大多数儿童的发热通常是由病毒引起的。细菌感染可能很严重，但通常都对抗菌类药物治疗有效。因此细菌感染的及时诊断对保证及时治疗十分重要。
细菌感染通常很难与病毒感染区分开。一般说来，细菌感染有引起高热的倾向（有时会高达41.0℃）以及白细胞总数增加。儿童包括两个月以下的婴儿，特别是没有脾或有其他免疫功能紊乱的儿童，以及有镰状细胞贫血的儿童都有易被细菌感染的危险。在恶劣的天气情况下，很多细菌和病毒感染都发生在冬季，也许拥挤的室内环境会助长这种感染，但有些感染的确是发生在夏季。