在胎盘内，母亲的血液进入到绒毛间隙内。这个间隙周围有许多极小的突起（绒毛），绒毛中含有来自胎儿的血管。在绒毛间隙中母亲的血由一层薄膜与绒毛中胎儿血分隔开，两者的血不直接相通。母亲血液中的药物可以透过这层膜进入绒毛间隙中的绒毛毛细血管，再经脐带进入胎儿体内。
抗癌药物
由于胎儿的组织生长很迅速，快速繁殖的细胞很容易受到抗癌药物的影响。很多抗癌药可以导致先天畸形，如宫内生长发育迟缓、下颌发育不全、腭裂、颅骨发育异常、神经管缺陷、畸形足以及精神发育迟缓等。一些抗癌药在动物中可引起某些先天畸形，但在人类中还没有发现同样畸形。
反应停
这种药已不再给孕妇使用，因为它可以引起胎儿明显的先天畸形。1956年欧洲首先将该药用于治疗流感和作为镇静剂。1962年发现，在胎儿器官发育时，孕妇服用反应停，分娩的胎儿出现明显的先天畸形，包括严重的上肢和下肢发育不完全，以及肠、心脏和血管的畸形。
皮肤用药
异维甲酸用于治疗严重的痤疮、牛皮癣和其他的皮肤疾病，它可以引起严重的先天畸形，最主要是心脏畸形、小耳和脑积水。致畸危险率大约为25％。依曲替酯是另一种用于治疗皮肤病的药物，也会引起人类先天畸形。这种药服用后储存于皮肤脂肪层，缓慢地释放。在停止使用之后，仍可以继续保持致畸作用达6个月或更长时间。因此，使用这种药的妇女，如果她们想要孩子，至少在停药一年后，才能怀孕。
性激素
雄激素用于治疗各种血液疾病。如果在受精后的前12周用了雄激素和合成孕激素。可以使女性胎儿的外生殖器男性化，阴蒂形成一个小突起，类似于男性的阴茎，这种改变可能是永久性的，除非用外科手术进行矫正。另外可能有小阴唇融合。口服避孕药内未含有大量的孕激素，不会产生这些畸形。
己烯雌酚是一种人工合成的雌激素。在孕期服用过己烯雌酚的孕妇，分娩的女婴在青春期可能患阴道腺癌。而且这类女孩后来发生子宫腔异常、月经病、宫颈功能不全、自发流产、异位妊娠以及胎儿出生前死亡的危险增加。受影响的男性胎儿可出现阴茎畸形。
美克洛嗪
美克洛嗪常常用于晕动症所致的恶心、呕吐，在动物中可引起先天畸形，但在人类还没有发现类似畸形。
抗癫痫药
患癫痫的妇女在孕期服用了某些抗癫痫药，胎儿可能发生腭裂，心脏、面部、骨骼、手以及内脏器官的发育异常。也可出现精神发育迟缓。两种抗癫痫药特别容易引起先天畸形：三甲双酮的致畸危险率约为70％；丙戊酸的危险率约为1％。卡马西平是另一种抗癫痫药，被认为可引起相当多的不重要的出生缺陷。曾经认为有一组先天畸形与服用苯妥英有关，但后来发现未服用过抗癫痫药的癫痫病孕妇，分娩的婴儿也可以发生类似的畸形。
用过苯妥英和苯巴比妥的孕妇所生婴儿出生时容易出血。因为这些药可引起维生素K缺乏。维生素K对凝血是必不可少的。如果在分娩前孕妇每天口服维生素K一个月或在婴儿出生后立即注射维生素K，可以预防这种副作用。癫痫孕妇在妊娠期要用最小有效剂量的抗癫痫药物，并必须严密监护。
癫痫患者即使在妊娠期未用任何抗癫痫药物，其婴儿发生出生缺陷的危险仍比未患癫痫孕妇高。惊厥频繁严重发作的、有妊娠并发症的、社会经济层次较低的以及保健护理不当的孕妇，其危险率更大。
疫苗
除了在特殊情况下，用活病毒制成的疫苗都不能用于将要怀孕或已经怀孕的妇女。风疹疫苗是一种活病毒疫苗，可以引起胎盘和胎儿感染。另一些活病毒疫苗，如麻疹、腮腺炎、脊髓灰质炎、水痘和黄热病等，以及其他疫苗，如霍乱、甲型和乙型肝炎、流感、鼠疫、狂犬病、破伤风、白喉和斑疹伤寒等，只有在她们确实有感染上这些微生物危险时，才能接种。
甲状腺药物
用放射性碘治疗孕妇的甲状腺功能亢进时，放射性碘可以通过胎盘，并破坏胎儿的甲状腺，引起严重的甲状腺功能低下。丙硫氧嘧啶和他巴唑用于治疗甲亢也可通过胎盘，引起胎儿的甲状腺异常肿大。如果必须使用，一般选用丙硫氧嘧啶，因为胎儿和孕妇对它都有较好的耐受性。
口服降糖药
口服降糖药常用于糖尿病人中血糖水平较低的患者。但在妊娠期间这类药物常常不能很好控制糖尿病，而且能引起新生儿的低血糖。因此，宁可用胰岛素来控制妊娠妇女的糖尿病。
麻醉剂和非类固醇抗炎药
麻醉剂和非类固醇抗炎药（NSAIDs），如阿司匹林，若孕妇大量服用，就能通过胎盘影响胎儿，麻醉剂成瘾的孕妇其胎儿出生前也可以成瘾，并在出生后6小时至8天出现撤药症状。孕期如服用了大量的阿司匹林或其他的非类固醇抗炎药，可延迟分娩发作。可以引起胎儿的主动脉和肺动脉之间连接的动脉导管在出生前（见第254节）闭合。正常情况下应在出生后才立即闭合。如果出生前动脉导管闭合，使血液流经肺部，而此时胎儿的肺部还没有扩张，加重了胎儿循环系统的负担。
妊娠晚期用了非类固醇抗炎药，可使羊水量减少，对胎儿是一种潜在的危险。服用大剂量的阿司匹林可以引起孕妇和新生儿出血。阿司匹林或其他水杨酸盐可引起胎儿血中胆红素水平增加，产生黄疸，偶尔可损害胎儿大脑。
抗焦虑药和抗抑郁药物
在妊娠前三个月服用抗焦虑药有可能引起胎儿先天畸形，尽管这种结果还未被证实。大多数抗抑郁药在孕期应用，是相对安全的。但是锂可以引起先天畸形，主要是心脏畸形。巴比妥盐，如苯巴比妥，孕妇服用后，有减轻新生儿黄疸的倾向。
抗生素
孕期应用抗生素可能带来很多麻烦。四环素可以通过胎盘沉积于胎儿骨骼和牙齿中与钙结合，结果使胎儿骨骼生长迟缓，婴儿的牙齿永久性黄染，牙釉质变软和过敏。妊娠中期至末期牙畸形的危险性最大。孕期应避免使用四环素，可选用其他一些安全的抗生素。
妊娠期使用链霉素、卡那霉素这类抗生素可以损害胎儿的内耳，导致耳聋。氯霉素对胎儿无害但在新生儿中可以引起灰婴综合征。环丙沙星在孕期不能使用，因为已经在动物中显示可致关节畸形。青霉素是安全的。
大多数磺胺类抗生素在孕晚期服用也可引起新生儿黄疸，严重时可导致大脑损害，但是有一种磺胺类抗生素，柳氮磺吡啶很少引起这种副作用。
抗凝血药
发育中的胎儿对华法林高度敏感。华法林是一种抗凝血剂。如果在妊娠前三月内服用这种药物，约有1/4的婴儿可能发生明显的先天畸形。同时，胎儿和母亲也可能发生异常出血。假若孕妇有发生凝血的危险，用肝素抗凝相对安全得多。但持续使用也会导致孕妇血小板数减少或骨质疏松症。
心血管疾病药物
某些孕妇在妊娠期需要用这类药物，控制原有的慢性疾病或在孕期发生的疾病。如先兆子痫和子痫。对先兆子痫或子痫的孕妇频繁用药降低血压，可以影响胎盘功能。要严格观察。注意胎儿发生宫内窘迫（见第246节），这种现象常常是由于孕妇血压下降得过快，引起胎盘血流供应减少所致。使用地高辛治疗心力衰竭或心律紊乱时，药物可以迅速通过胎盘，而很少在出生前或出生后对胎儿产生影响。
孕期服用呋喃妥因、维生素K、磺胺及氯霉素这类药物，可引起葡萄糖-6磷酸脱氢酶（G6PD）缺乏的胎儿和孕妇溶血。对于葡萄糖-6磷酸脱氢酶缺乏（一种引起红细胞膜不稳定的遗传病）的妇女，妊娠期应注意避免使用这些药物。
分娩和生产时用药
局部麻醉药、麻醉剂和其他镇痛剂一般都能通过胎盘对新生儿产生影响，导致发生呼吸困难（见第248节）。因此，如果分娩时需要使用麻醉药，应给予最小的有效剂量，并尽可能推迟给药，使胎儿在分娩前尽量少吸收麻醉药。
其他药品
吸烟，妊娠期吸烟是有害的（见第244节）。妊娠期吸烟母亲分娩的婴儿平均出生体重比不吸烟母亲所生婴儿少170g。流产、死胎和婴儿猝死综合征（SIDS）在孕期吸烟母亲的婴儿中发生率都可能增加。
饮酒，孕妇在妊娠期饮酒可引起新生儿缺陷。孕妇大量酗酒，可能出现胎儿酒精综合征（见第252节）。这些婴儿生长发育迟缓、小头、面部畸形以及智力低下。少见的缺陷有关节畸形、心脏畸形。而且他们健康状况不良，出生后不久死亡的危险增大。目前还不清楚究竟要饮多少酒量才会引起这类综合征。所以，妇女在妊娠期最好停止饮酒。
咖啡是否对胎儿有害还有争论。已有几篇研究报告提出孕妇每天饮咖啡在7～8杯以上，可能有发生死胎、早产、低体重儿或者流产的危险性，但这些研究也有不足，因为很多饮咖啡的人同时也吸烟。随后一项研究对吸烟进行了探讨，认为胎儿出现这些问题是由烟草引起而不是咖啡。但是，孕期过量饮用咖啡是否对新生儿有害还不清楚。
可卡因，妊娠期使用可卡因可以增加流产、胎盘早期剥离，大脑、肾脏和生殖器官先天畸形的危险。引起新生儿行为异常的相对少见。
美国食品与药物管理局妊娠期药物安全分类
| 类别 | 说明 |
| A | 人类研究显示没有危害 |
| B | 动物研究显示没有危害,但还没有作人类研究;或动物研究显示有危害,而人类研究却没有危害 |
| C | 没有作人类或动物研究,或动物研究有危害,但没有作人类研究 |
| D | 人类研究显示有危害,但在某些病例中证明可以使用 |
| X | 这种药物在孕期从未用过,但知道对人的危害超过其好处 |