很多厌氧感染是由梭状芽胞杆菌引起。该菌产生各种毒素可损伤组织或神经系统。
最常见的梭状芽胞杆菌感染是短期的和较轻的食物中毒（见第106节）。此外梭状芽胞杆菌有时可以引起能破坏大小肠壁的炎症，此种情况称为坏死性肠炎。虽然此种感染可以作为独立的病例发生，它也可以在食入污染的肉食后引起暴发形式发生。
梭状芽胞杆菌引起的疾病
| 疾病 | 细菌 |
| 破伤风 | 破伤风芽胞杆菌 |
| 肉毒中毒和婴儿肉毒中毒 | 肉毒梭状芽胞杆菌巴拉提尼（Baratii）梭状芽胞杆菌 |
| 食物中毒 | 产气荚膜杆菌 |
| 抗生素相关结肠炎 | 难辨梭状芽胞杆菌 |
| 环死性小肠炎 | 产气荚膜杆菌 |
| 尿道和伤口感染 | 产气荚膜杆菌和其他细菌 |
梭状芽胞杆菌也感染伤口。致命的梭状芽胞菌感染包括皮肤坏疽（见第174节）和破伤风，虽较罕见，但当一个人受伤时或静脉吸毒者可以发生。肉毒中毒发生于食入由某些梭状芽胞菌产生毒素污染的食品（见第106节）。
梭状芽胞菌感染常可致严重的疾病，并由深部组织破坏而使病情复杂。死亡的危险很大，特别是患有癌症的患者和老年人。