厌氧菌在很多方面不同于其他细菌，它们在身体内含氧很低的地方生长繁殖（如肠道）以及坏死组织中，特别是深部和内脏的伤口处。这些部分其他细菌无法生存，机体的防御功能不易发挥作用。厌氧菌可不需要氧而生存，甚至某些厌氧菌在有氧存在时不能存活。它们倾向于引起形成脓液积聚的感染（脓肿）（见第175节）。
正常情况下有上千种厌氧菌在人体的皮肤和粘膜上如口腔、肠道和阴道粘膜，正常地无害地生存。在每一立方英寸的大便中可能存在数千亿细菌，如果厌氧菌的特定株的正常环境被外科手术，循环很差或其他组织损伤打乱，它们能侵入宿主组织，引起严重的甚至是致死的感染。
致病性厌氧菌包括存在于尘埃、土壤、赘生物和人及动物的肠道的梭状芽胞杆菌和消化球菌和消化链球菌，两者为口腔、上呼吸道和大肠的正常菌群的一部分。其他的厌氧菌包括脆弱类杆菌为大肠正常菌群的一部分，和产黑杆菌及梭形杆菌为口腔正常菌群的一部分。
【症状和诊断】
厌氧菌感染的症状取决于感染的部位，感染包括牙齿脓肿、颌骨感染、牙周疾病、慢性鼻窦炎和中耳感染，以及脑、脊髓、肺、腹腔、肝、子宫、生殖道、皮肤和血管的脓肿。
为了诊断厌氧菌感染，医生常采集脓液或体液标本送实验室培养。这种标本必须要仔细操作，因为暴露于空气能杀死厌氧菌，这样的培养便没有价值。
【预防和治疗】
及时处理感染使之在扩散前被局限于特定的部位可以预防严重的厌氧菌感染。仔细地清洁伤口，清除异物和早期开始抗生素治疗是有效的预防措施。在腹部外科手术前后及手术时静注抗生素被用于预防感染。
深部伤口感染倾向于由厌氧菌引起，这种感染最初的处理为脓肿引流和外科清除坏死组织（清创术）。因厌氧菌很难在实验室生长，医生常在知道实验室培养结果之前开始用抗生素。深部伤口感染常含有一种以上的细菌，所以同时可给予各种各样的静注抗生素。青霉素用在口腔和咽部混合细菌引起的感染。因为肠源性感染常包括脆弱类杆菌，其对青霉素有耐药性而应用其他的抗生素。