当咽部受累时，病人在食物从咽上部进入食管时可能感觉不适。这常常发生在有自主（骨髂）肌或支配神经有病变的病人，如皮肌炎、重症肌无力、肌萎缩、脊髓灰质炎、假球形麻痹，以及大脑和脊髓的疾病，如帕金森病和肌萎缩侧索硬化。因为吩噻嗪（一种抗精神病药物）可影响咽部肌肉，所以服用这种药物的病人可以出现吞咽困难。任何原因引起的吞咽困难都常使病人从鼻后孔返出食物或将食物吸入气管而引起咳嗽。
环咽肌收缩失调，指上食管括约肌（环咽肌）持续关闭或开放。括约肌功能异常引起食物反复进入气管和肺，而导致慢性肺部疾病。外科手术切开此括约肌使其永久性松弛，可矫正返流。若不治疗，则可导致憩室的形成。憩室是食管内膜通过环咽肌反复向外、向内推拉形成的一个囊袋。