"刺法犹如书法，熟则生巧，精而能化。指下功夫，难深于朝夕间，非勤学苦练不可。”黄氏的行针手法宗经旨，并揣摩东垣、高武、杨继洲诸家，经数十临床实践，化裁归纳。有切、卧、循、压、徐、疾、插、提、扪、搓、留、候等十二法，足堪后学之借鉴。
对于刺法的补泻问题，认为以《灵枢》·《素问》之言最为朴实。元明针家，虽广立诸法而各有所长，但追本溯源，皆不越《灵》、《素》范畴。并指出前贤在这方面有涂脂抹粉、夸耀炫能之举，徒增后学无所适从之苦。
(一)指下功夫，十二手法：
1、切：以爪重切，令阳气宣散，下针不伤卫气。
2、卧：欲刺阳分，浅卧下针，勿伤营气。
3、循：以指循摄，上下抚摩，使气血循经而至，易于得气、候气。
4、压：压之在上，使气向下，压之在下，使气向上。这是运气通经之法。
5、徐：徐入徐出，使真气不泄，气血不伤，宜于治正虚之症。
6、疾：疾入疾出，使邪气外出，宜于治邪盛之症。
7、插：推而内之，宜重宜深，候气于营，从营置气。
8、提：动而伸之，宜轻宜浅，候气于卫，从卫取气。
9、扪：扪闭针孔，因卫和营，顺之则补真，逆之则助邪。
10、搓：搓以候气，急则肉缠针，缓则气易至。
11、留：静以久留，既宜于治虚寒久病之补法候气，也宜于治实热暴病之泻法，以待气散。
12、经气行滞，息针从街，气至针动，慎守勿失。
(二)调气之道，全赖补泻：黄氏所用补泻手法，主要由上述十二法综合而成，尤以徐疾为基本大法，并结合营卫气血，因病而施。尝谓：“用针之要，在于调气，调气之道，全赖补泻，补泻之用，要知迟速，徐疾之法，当分左右。”对《难经·七十八难》"知为针者信其左，不知为针者信其右”体会颇深。主张病属于实，刺之宜急，攻邪当疾入疾出而徐按，使郁滞得通，邪气易出。病属于虚，刺之宜缓，补正当徐入徐出而疾按，使经脉无伤，真气不泄。盖刺虚者下针贵迟，速则伤血；出针贵缓，急则耗气。刺实者下针贵速，迟则滞气；出针贵急，缓则郁气。对提插的用法问题，前人皆以插补提泻立说，黄氏认为，插提二法，各宜补泻，插则针深，补泻于营；提则针浅，补泻于卫。至于行针候气，也有先后左右之分，认为如果侧重候气于既针之后，而不重视致气于未针之前，是不够全面的。因此，他在行针前非常重视左手循压之法，藉以推助经气，这些方法是在继承的基础上通过实践而发展起来的，在临床上确有其实用价值。
(三)精心行针，深浅得当：黄氏行针之时，必聚精会神，全神贯注，不扰于众物。他最反对粗心大意和置针于穴中而毫不介意之态度。此外，黄氏认为《内经》有言，“行针之要，旨在深浅”。病有深浅，刺亦应有深浅。病在卫者卧而剌之，病在营者切而刺之，这也是黄鸿舫先生常用针法之一。病浅针深或病深针浅，均无能达到“以平为期”之目的。深浅是否适当，关系到治疗是否中病。总之必须做到心毋二用，精心行针，静心观察反应。深浅要恰到好处，太过不及，均所勿取。
(四)擅于透刺，喜用“冷针”：黄氏善于《玉龙经》透针一法，如病在卫分，刺以平透，如地仓透颊车治口噼，风池透风府治风寒在表，肩髃透臂臑治肩臂痹痛等等；病在营分，刺以直透，如内关透外关治邪陷心包，间使透支沟治久疟，阳陵泉透阴陵泉治鹤膝风痛等等。由于当时尚无不锈钢针，所以黄氏喜用纯金制针，与其他针相比，即其性柔而无生锈之弊，非欲喧炫于人也。由于素来不用着艾烧针，世人皆以“冷针”名之。所谓冷针，盖与“温针”相对而言，并非一派寒凉之冷。对寒症用针，亦常暖而刺之，此法虽与楚人温针不同，而欲其温通，毋使气血因寒凝滞之义则一。所以虽曰“冷针”，亦宜于治热而又治寒也。此外也善用艾灸炳等法，如脾胃病调治就常灸足三里下脘两穴以和胃畅中。