黄氏认为：刺灸与汤液，法虽异而理同，故《内经》、《难经》、《甲乙经》固为针家所必读，即《伤寒论》、《金匮要略》、以及后世各家方书也须一一揣摩。否则徒夸手法取穴之末，舍辨证求因、审因立法之本，焉能奏效。
(一)辨证审因，主次分清：“治病难，难在识症。”某一病可见某一症，某一症则不一定即某一病。病有在脏在腑、在经在络、在气在血、在营在卫之分，症有属寒属热、属虚属实之异；真寒假热，假寒真热，大实如虚，大虚若实，尤当明辨。必须善于从复杂之现象中，抓要点，分主次。认得真，拿得定，则治有所据，法有所循。黄氏认为外感与内伤之辨，乃是审因的总纲；祛邪扶正，乃是论治的大法。邪盛者当祛邪，邪去则正自安；正虚者当扶正，正胜则邪自退；泻中寓补，补中寓泻，此为理法之常。但是注意攻邪太过则伤正，扶正不当可助邪；因此主张治外感既要善于祛邪，又要善于顾正；治内伤既要善于扶正，也要善于顾邪。又认为邪之伤人，每因人而异，治与不治，往往取决于正之能否胜邪。实践证明：邪盛者治之尚易，正衰者理之较难，所以一再强调既要辨邪，更要识正。
(二)立法精简，治理分明：“先议病，后议穴。”盖法有定而方无穷，立方选穴，要求灵活，但必须针对病情，精赅扼要。如同是一阳明经病的齿痛， 下齿痛应取合谷，因手阳明经入下齿中；上齿痛则应取内庭，因足阳明经入上齿中；应从“病随经所在、穴随病而取”之理循经选穴。治疗之道，切忌死守一方一穴而按谱施治。
(三)法宗东垣，治从香岩：黄氏对李东垣、叶香岩诸家之说，深为服膺，故对于内伤杂病及外感病后之调理，必须以脾胃为中心，更宗营、卫、气、血以论治。盖脾胃为气血生化之源，后天养生之本；营卫气血皆化自水谷，十二经脉也起自中焦。故脾胃清和就能滋生气血，气血充盈，则可调和经脉，灌溉四旁。若纳运失常，升降失司，则气血日衰，经脉乖乱，病从内生。营卫不固，外邪也易入中。内伤之因，也不外乎情志、饮食、劳倦所伤。情志之病以思虑忧愁者居多，思虑太过则伤脾，忧愁虽伤肺，但忧愁不解则伤意，亦能影响及脾。至于饮食劳倦，更与脾胃有关。诸如痰湿、食滞、气虚、血衰等症，也无不与脾胃相关。因此，治内伤杂病，守法于脾胃之调理，实具有重大意义。当然，重视脾胃的论治原则，并不废弃对其他脏腑的论治方法，相反要更好地运用阴阳五行生克制化的原理据经络的逆顺出入来推求病机，精心论治。如：治虚痨常用足三里、太白、太渊、中府、下脘等穴，以培土生金。治木贼土虚的胃脘痛，常用足三里、太白、中脘、行间、内关等穴，以培土泄木。治脾肾阳虚的泄泻，常用气海、大横、复溜、肾俞、阴陵泉等穴，以益火生土。治气喘溺少的肿胀，常用气海、关元、列缺、阴陵泉、脾俞等穴，以崇土制水等等。至于调治脾胃的刺灸方法，虽宗东垣而不囿其说，尝谓：“师古不泥古，一家有一家之长，一家有一家之短，偏执一见而盲从一家，则用穴立方，必难丝丝入扣。”认为东垣之立法详于治脾，略于治胃，偏于温脾阳，忽于养胃阴。香岩以“脾宜升则健胃宜降则和；太阳湿土，得阳始运；阳明燥土，得阴自安”立论，可谓别具卓见，正补东垣之未备。刺灸系从外治内之法，似难与药物有寒、热、温、凉、燥、润之性相等同，但论其治法之理亦一也。刺灸之用，也须掌握这些特性。如病在阳明宜针，病在太阴宜灸；气滞血瘀宜针，气虚血衰宜灸；胃有燥火者宜针，肾阳不振者方可灸。因为艾性温燥，宜于温阳逐寒，不宜于养阴清热也。用穴立方，也应病而异；如病在气分，偏重阳明；病在血分，偏重太阴；通降失司，治从阳明；健运失职，治从太阳；虚人饮食所伤及外感暴病新愈，当以理胃为主；内伤劳倦及久病之后，当以理脾为主。营卫气血方面的刺灸方法，主要根据病邪深浅而定，即在卫者刺宜浅，在营者刺宜深；病在气分，游走不定，常用上病下取、下病上取、左病右取、右病左取之法；病在血分，沉着不移，每随其病之所在而取穴。
(四)因时制宜，不拘一格：“诊病不察传变，最易陷于被动。”病变无穷，治法亦无穷，深知随机应变之理，乃可防之于未传之前，治之于已传之后。所以要视疾病之演变，而因时制宜，不可执一不化。临诊治病，不拘一法，方能运用自如，得心应手。