瘀血一证，病因众多，或新病骤成瘀血，或久病入络致瘀，或气滞导致瘀血，或气虚引起血瘀，或血热煎熬成块致瘀，或寒凝血液成块致瘀。不论瘀血是何种原因所致，均可选水蛭投之，一般新病瘀血多实，宜峻剂攻瘀，祛瘀务净，以免残瘀羁留，造成后患。故用水蛭剂量宜大，使瘀血骤化，然后渐次减量，以祛残留之瘀。久病之瘀多虚，宜峻药缓攻，缓缓治，以免攻伐太过，耗伤正气，故初用水蛭，剂量宜小，待有动静，渐次加重，使瘀结之凝血缓缓消散，达到气血调和。如治中风，每宗“头为诸阳之会，唯风可到”之说，取水蛭配菖蒲、蒲黄、川芎、通天草等以通窍活血；治胸痹，则根据其“阳微阴弦”之病机，取水蛭配黄芪、党参、葛根、丹参等以益气活血；治癃闭，则以“气化则能出焉”为准绳，取水蛭配乌药，小茴香，泽兰，益母草等以行气活血；治血管瘤，仿“坚者削之”之意，取水蛭配延胡索，生牡蛎等以散结活血。临床随证配伍，颇多效验。
余用水蛭，多以生水蛭粉吞服法，其用量少则每日1g 多则每日6g 取生用者，乃取水蛭破血逐瘀之力，若经过加热炮制，其功效大减，几无活血散瘀之力，但由于水蛭腥味甚浓，入煎剂往往令人作呕，故每用生水蛭粉装入胶囊口服，可防腥味伤胃。