中医临床一般均以证因法治为序。先列症状，包括舌苔、脉象，然后审证求因，分析病因病机，确定治疗法则，最后组方遣药，有的还附上医嘱。
要审证求因，分析病因病机，确定治疗法则，势必要涉及到邪正虚实、阴阳气血、脏腑经络等有关理论，在这些理论的指导下，进行辨证论治，组方遣药。所以，整个过程就体现了理法方药的思维过程。
历代著名医家，尽管他们研究范围各有侧重，但无一不是贯穿着理法方药思维的整体性，尤其是有创见发明、贡献较大的医家，大都是理论上有所突破，随之深化和扩大了某些治疗法则的应用，或创制了一些新的治则，并根据临床各种表现，研制和阐述体现自己学术思想的方剂和药物，使之形成一个完整的体系。金元四大家就是典型的例子。
刘河间在《素问》病机十九条的启示下，提出“六气皆能化火”之说，改变了当时喜用温燥药的习惯，根据祛风泻火、清热燥湿等治则，创用天水散、凉膈散等以寒凉为主的方剂，形成寒凉学派。
张从正根据“先论攻邪，邪去而元气自复”提出“汗、吐、下”祛邪三法，开拓了临床思路，丰富了有关方药的临床应用。
李东垣以升降为枢纽，进一步发展了脾胃学说，并研制了补中益气汤、升阳散火汤等与其理论相一体的方剂，丰富了黄芪、升麻、柴胡、葛根等药物的临床应用。
朱丹溪以“阳常有余，阴常不足”立论，以滋阴降火为原则，加深了后世对黄柏、知母、山栀、黄芩、黄连等药的认识，被称为“滋阴派”。
上述四位医家从各个不同方面充实和发展了中医学术思想以及方剂药物的应用，就以药物研究为主的李时珍来说，《本草纲目》中也收集了大量方剂，并有许多组方用药的法则和理论。因此，可以这样认为：越是高明的医家，其理法方药的整体思维就越强，其临床疗效也就越显著。