中医理论，不仅是指几部经典著作，还包括历代医家的论述，并且仍在不断地发展和完善。
中医理论不是一成不变的，而是在长期的医疗实践中逐步形成和不断发展的。例如中风，唐代以前医家多以“虚中外风”立论，所以其治则和方药，都有驱风和扶正相兼的特点。宋元开始提出“内因说”。刘河间认为是“心火暴甚”，李东垣认为是“本气自虚”，朱丹溪则提出“湿土生痰”，增加了滋阴清热、益气化痰等方法。清代王清任从气血理论着手，认为是气虚造成血瘀，故用益气活血法，发明了“补阳还五汤”，重用黄芪，益气行血。清后期张伯龙、张寿颐等人，则根据《内经》“血之与气并走于上，则为大厥”的论述，结合西医知识，提出“气血交并于上，冲激脑气筋”之说，其治则强调“平肝潜阳，豁痰开窍”。随着后世理论发展，其治则和方药也渐渐与唐代以前大相径庭，疗效得到明显的提高。由此可见，徒有经验而不能提高理论水平者虽美而不彰。
药物研究也是如此。仍以黄连为例，黄连在《神农本草经》中云其“味苦寒，主热气、目痛、眦伤泣出、明目、肠癖、腹痛下利、妇人阴中肿痛”。后世，张元素根据其“性寒味苦，气味俱厚，可升可降，阴中阳也，入手少阴经”的特点，分析它有6种功效：泻心脏火，一也；去中焦湿热，二也；诸疮必用，三也；去风湿，四也；赤眼暴发，五也；止中部见血，六也。王好古根据蛔得甘则动，得苦则安，指出黄连有安蛔之功。(《本草纲目·黄连·发明》)。说明随着中医理论体系的发展，黄连的功能也在发展变化。由于黄连有这么多功能，因此临床出现许多由黄连配伍，治疗各种不同疾病的方剂，就不难理解。从中可以看出，中药的研究也不能脱离中医理、法、方、药体系的整体发展。