一般谈各家学说，大都认为肇自金元时代。如《四库全书总目提要》曾载，儒之门户分于汉，医之门户分于金元。裘氏对此并不苟同，他说：“儒学在汉代早已分化成许多学术流派，而医学流派之分可追朔至《黄帝内经》。”
据《汉书·艺文志》记载，两汉时代已形成四大医学流派--医经家、经方家、房中家、神仙家。《内经》是医经派的代表作之一，古今学者公认，《内经》“殆非一时之言，其所撰述，亦非一人之手”(《九灵山房集》)。从《内经》原著所引文献稽考，其中有《太始天元册》等二十余部，汇集了诸多学术观点。
从有关内容剖析，可以发现《内经》确实存在着各家学说。例如，关于脏腑：《素问·金匮真言论》有五脏六腑说，《灵枢·经脉》有六脏六腑说(将心包络作脏)，《素问·三部九候论》有九脏说，《素问·六节脏象论》有十一脏说，《素问·灵兰秘典论》有十二脏说等。关于脏腑与苗窍的关系：《素问·金匮真言论》说：“心开窍于耳”，“肾开窍于二阴”；《素问·阴阳应象大论》说：“心主舌”，“肾主耳”。关于经脉气血多少问题：《素问·血气形志篇》：少阴少血多气，太阴常多气少血，《灵枢·五音五味》：少阴常多血少气，太阴常多血少气；《灵枢·九针论》：少阴多气少血，太阴多血少气。诸如此类对同一问题的不同见解，还可以举出许多。裘氏说：“我们并不否认《内经》的学术价值及其权威性，但从中已可窥视《内经》在某些理论问题上，确有一定分歧。从这一意义上说，《内经》乃是各家学说的论文汇编。”这一观点，具有独到见解。