章氏以善用虫类药物治疗某些顽固的慢性病着称。他认为仲景用大黄庶虫丸治干血，抵当汤丸治蓄血，鳖甲煎丸治疟母等病，说明虫类药物在治疗上很早就占有相当重要的地位。叶天士取法仲景，并撷取孙思邈《千金方》、许叔微《本事方》用虫类药的经验，立“初病在经在气，久病入络入血”之说，对积聚、疟母、风寒湿痹、头痛、胃痛，以及妇女经水不通、小儿单腹胀等多种慢性病，常用虫蚁搜剔之品，奏通络追拔之效，颇有卓见，足证叶天士是一个善于继承仲景遗法的人。章氏早年受了曹颖甫先生的影响，对叶氏学说不敢苟同，后来才明白叶氏治病不仅以轻灵取胜，且能上穷古法，以意化裁，多所创获，如应用虫类药物，即其一端。他认为后人景仰叶氏，如果仅仅效法他轻灵的一面，犹未能尽得叶氏之长。章氏这个论证，对研究香岩（天士）学派者，是有一定的启发作用的。
章氏经常用蜈蚣、全蝎等治头风痛，用蕲蛇、露蜂房等治风痹走注，用庶虫、蝼蛄、蜣螂、蟋蟀等治积聚肿胀，效果都很好。特别是用蜈蚣、全蝎治头风，疗效非常突出，经治后有不少患者从未复发。根据历来使用蜈蚣、全蝎的经验，不仅有镇痉之效，而镇痛之力特强，用之得法，有立竿见影之妙。又川乌与当归同用，镇痛之力亦殊不弱，若再配合蜈蚣、全蝎，可以相得益彰。章氏用虫类药物，多配成丸剂、散剂，以便常服，此即叶氏“新邪宜急散，宿邪宜缓攻”之义。虫类药物对胃部略有刺激，胃纳不佳的患者，可复入山药、陈皮等健胃调气之品，以解除其副作用，但大多数患者，服之并无任何不良的反应。