程氏一向反对门户之见，强调广纳各家之长。如他曾说：“局方有局方的好处，丹溪有丹溪的好处，景岳有景岳的好处，赵养葵也不是一点好处都没有的，而徐灵胎、陈修园也各有他的好处。譬如徐灵胎批评人参，喻嘉言赞成人参，徐是以清通为主的，他反对的是滥用人参，喻是主张扶正祛邪的，他主张用参，是与疏利药同用。”程氏对明清各家温热学说涉猎殆遍，虽对叶天士学说致力尤勤、体会最深，叶氏辨证和用药规律阐明极多并得心应手充分运用于临床，但仍很注意检查自己在学术上是否会走向片面。如曾说：“我对阴阳五行学说是重视不够的，但许多人认为我对阴阳五行学说太保守，这等于我对伤寒论很重视，许多人认为我是温病派一样，主客观不一致，溯其原因，当然是主观方面自己努力不够，同时客观方面或者也有了解不够的地方。”
程氏对伤寒与温病之争，不仅一般地强调统一、强调综合运用寒温二说，而且还提出许多具体的独特见解。首先在明确指出“伤寒是基础，温病在伤寒的基础上有较大发展”、“卫气营血辨证是六经辨证的发展与补充”的前提下，进而论证说：“伤寒用石膏、黄芩、黄连清热，温病也用石膏、黄芩、黄连清热，没有什么不同。但是温病在伤寒的基础上发展了一个清气热的方法，如金银花、连翘之类；发展了一个凉营清热的方法，如鲜生地、犀角、丹皮、茅根之类。伤寒用下，温病亦用下，不过有轻重、早晚之不同。在神昏谵语方面，温病与伤寒就大不相同了。伤寒谵语多用下，温病增补了清心开窍法，如紫雪丹、至宝丹、神犀丹一类方药，是非常可贵的。”还说：“温病偏重救阴，处处顾其津液；伤寒偏重于回阳，处处顾其阳气。救阴分甘寒生津、重在肺胃；咸寒育阴，重在肝肾，更是一个发展。而叶氏的救阴方法，往往从伤寒反面而来，他用阿胶、生地、菖蒲、童便，也是从伤寒论的白通汤脱胎而来的。”程氏认为伤寒温病有可分也有不可分，是可以统一而综合运用。他曾说：“关于伤寒与温病的统一问题，我至今仍保留我个人的看法。从前对立的看法，不外几点，一说伤寒从表到里，是由皮毛侵入的；温病之气，不从皮毛，主要是口鼻吸入的；因此，伤寒表病之转移，总因表不透或失表早下所致；温邪忌表，只宜清透。一说伤寒足经病多，温病手经病重，伤寒从表入里是横的，温病从口鼻入是竖的，横的分表里、半表里，竖的分上中下三焦，在理论上是很有区别的。但是麻黄汤就有麻杏，麻杏不是手太阴肺经的药吗？伤寒首先讲调和营卫，调和营卫不是指上焦吗？转阳明不是中焦吗？转三阴不是下焦吗？温病的栀豉白虎，就是伤寒的太阳阳明的方法，有多少区别呢？区别的是温病学说补充了伤寒所不足的许多方法。”进而他提出：“我认为寒温二气的不同是可以注意的，寒伤阳，所以伤寒刻刻顾其阳气；热伤阴，所以温病刻刻顾其津液。伤寒热化迟而变化少、温病热化速而变化多”、“既不可能肯定一病之来是伤寒或是温病始终不移，而所用的药物，也是互相错综同用的”、“见热化快而阴伤的，必须从温病学说考虑伤阴；热化迟或反见虚寒症状的，必须从伤寒学说考虑伤阳。灵活运用，不拘一格，在临床实践上确实是如此。所以在原则上来谈问题，应当分，分得越详细越好；在实践上来谈问题，不必分，而且越灵活越好”等主张。