程氏非常重视对古籍原著的批注，曾多次反复批注《伤寒论》、《金匮要略》等，在批注时提倡以特别认真审慎态度进行推敲，认为人的见解会随着时间的推移而起变化的，有当时以为是而后来以为非的，也有当时以为非而后来以为是的，反对急于求成，常告诫学生：“愈欲速而愈不达”。曾例举说：我对《伤寒论·辨厥阴病脉证并治》：“伤寒六七日，大下后，寸脉沉而迟，手足厥逆，下部脉不至，咽喉不利，唾脓血，泄利不止者，为难治，麻黄升麻汤主之。”庚辰批：“麻黄升麻汤之误甚明……方杂不纯，药不符证，其非真无疑。”五年后乙酉批：“前谓此方之误甚明，今觉不然，记于下：此证上热下寒也。因大下之后而至于手足厥逆、泄利不止、下部脉不至，其为下焦虚寒当温之候甚明。所可异者，则咽喉不利、唾脓血一症耳。夫唾脓血可见非虚火迫血之故，与阴盛格阳者不同。况此方合症，更可知矣。此乃寒陷营、寒束热郁之故。故以升麻升提之，石膏、知母、黄芩清之，天冬、玉竹润之，一面更以当归、芍药、桂枝、甘草治其手足厥逆，脉不至，干姜、茯苓、白术治其泄利不止，仿当归四逆、理中之意也。不用附子者，防唾脓血之上热耳。辛凉清润治其上，温通止利治其下，复方亦费苦心，其药似杂乱而实不杂乱，纵非仲师方，亦后贤有得之作，未能一概抹杀也。东垣治吐血有麻黄人参芍药汤一法，即此方上一半之法，可知世固有此等证。然则上实下虚之证，又安能必其无耶？柯氏未之思，遽下断语，不当也。乙酉读此条，得其解，因记其大略于旁。学无止境，勿遽自以为是也，观此可征。”
程氏对学习中医学应如何批判继承认识甚深，认为应当是在批判中寻找继承，在继承中还须批判。认为在渊博的中医学术中每一部分都有精有芜，只有多少之分，没有绝对的精芜，我们认为精华的精华中，就可能有糟粕存在，相反在糟粕的糟粕中，亦可能有精华的发现。指出对中医学术不要妄自菲薄。不但要继承，而且要发扬，应从取其精华方面着手来扬弃糟粕，否则光提糟粕，缓不济急，又不能拿糟粕去治病。
程氏主张对古代论著应根据临床实际选择所需要的东西而反对生搬硬套。如《内经》中的运气学说，每年的寒暑燥湿、太过不及，确与人们的发病，有着密切的关系，但是靠子午卯酉甲乙丙丁来分配五运六气，对人与自然关系是有距离的。程氏认为五行学说的“亢则害，承乃制”，尤其是“制则生化”很有应用价值，对许多慢性疾病是起作用的，但反对滥用五行生克学说。