秦氏通过深入地比较分析伤寒与温病学说后认为,后者乃是前者的发展,两者虽具多种差异性,但又具颇多共同性,可以说同中有异,异中有同,因此没有必要将两者对立起来,而应当在尊重两种学说的前提下将两者统一起来,以建立“完整的中医外感病学或叫传染病学”,从而使之“在临床应用上大大地提高一步”。具体地说,这两种病的差异乃在于:病因有寒温之异,病机有伤阳、耗阴之别,辨证有六经表里与三焦上下之差,治疗先有温与凉而后有回阳与救阴之不同;然其共同点又在于:均受之于外邪而初起皆现表证且都治用解表之法,而表邪不解又均传里化热并皆治用清热和通便之法。此外,这两种病还在更多方面存有交叉,一在病机上,“伤寒同样有伤阴,温病同样有伤阳”;二在辨证上,伤寒六经也分上下,温病三焦也分表里,均离不开经络,更何况太阳证即为上焦病,阳明、少阳、太阴证即为中焦病,少阴、厥阴证即为下焦病,内脏的关系也是一致的,实不过一纵一横而己;三在处方用药上,伤寒表证虽以辛温解表为主,但也出有法从辛凉的麻杏石甘汤,可与温病所出辛凉之剂桑菊饮、银翘散并存,在通便方面,
伤寒出有攻下之承气汤和润下之脾约麻仁丸,温病既用承气汤,又复出养阴润下之增液汤,并常合两方为增液承气汤而用之,还据情灵活加减使用诸如复脉汤等伤寒方……。由此可见,温病实为羽翼伤寒,应消除其分歧而力加统一之。这也有助于说明,秦氏研究外感病之证治,实熔古今之说于一炉,并力排经方、时方之分歧,只不过未涉寒温统一的具体方面而已。