秦氏认为：“无论是外感和内伤，外因和内因，都是通过脏腑后发生变化”，即“所有病症，包括病因、病机在内，都是脏腑生理、病理变化的反映”，而“药物的功效也是通过脏腑后才起作用”的，可以说“临床上辨证施治归根到底都是从脏腑出发”，所以验证“必须重视脏腑发病及其用药法则”。关于脏腑发病和用药法则，秦氏作了深入研究。在脏腑发病方面，如《内经》所云“五脏所主，五脏开窍，五脏化液，五脏所恶，五脏变动，五脏所病等，明确地指出了脏腑的生理、病理及与形体的关系”；在用药法则方面，如“《本草纲目》序例里叙述了《五脏五味补泻》和《脏腑虚实标本用药式》，《本草分经审治》以脏腑为纲，更具体地指出了药物对脏腑病变的使用”。基此，秦氏归纳了判断具体病证脏腑病位的四种线索，即“一关于本脏的体用性质，包括本身的变化，如肝藏血，以血为体，以气为用，性主升发，宜条达舒畅，及肝用太强，气盛化火，血虚生热生风等；二关于本脏与形体各组织器官的联系，包括经络循行部位，如肝主筋，开窍于目，爪为筋之余，及肝脉循胁肋、少腹，络前阴，冲脉隶属于肝胃等；三关于本脏同其他脏腑的关系，包括奇恒之腑在内，如肝与胆为表里，与心、肾相生，与肺