石氏对“伤科的‘兼邪’施治，尤多心得。”什么是“兼邪”？筱山先生说：“凡非本病，其发生不论前后，而有一个时期与本病同时存在的，都叫兼邪。”例如：“有因劳力辛苦而着寒，文献上称为‘劳力伤寒’，劳力辛苦内伤气血是本病，着寒则又外感寒邪是兼邪。又如腰痛这一病证，役用伤肾，风寒湿外侵，强力举重的闪腰等都可引起，其中强力举重的闪腰是本病，倘与本病在某一时期同时存在，则役用伤肾、风寒湿外侵都是兼邪。”这类病例，“似伤非伤，似损非损，病者，果疑于似伤而来，医者，岂能混以为伤而治。”总之，“须审证辩因”，然后，施治才能有效。损伤的人是生活在自然界和社会的具体的人，外受风寒暑湿，内有七情六欲，而且体质有虚赢壮实之异。一旦受伤，“肢体损于外，则气血伤于内，营卫有所不贯，脏腑由之不和”，除了损伤局部见有肿胀瘀斑畸形等诸症侯外，尚有身热、口渴、纳呆、便秘等症(筱山先生把这些凡因损伤而出现的一切症状都见症)。此外,或损伤时有恼怒惊恐,或受损伤后兼受风寒,则又有一番有关症侯,更多见的是由于损伤后气血失和,易致风寒湿邪外袭,或因气血不和,内生痰湿留络。这些情况,必须辩析而施治疗,否则,独以损伤为治,难得功效。《医宗金鉴·正骨心法要旨》“内治杂证法”中也专论“挟表”，辩形气虚实而分立主方。
石氏提出兼邪就更着重在从病人的全身情况入手辩症求因而治。幼山先生对兼邪的概念又稍有扩充，把“损伤变证”也包括在内。损伤变证是酸损伤起因，变生他证。而且这一“证”不只是个别的症状，而是一个病症。如伤后结毒就不只是郁瘀化热，结毒成了由损伤引起，却与损伤并存的病症。
石氏认为，损伤气血自属气脉闭寒，脘窍凝滞之类，易于痰聚为患。《本草纲目》云：“痰涎之为物，随气升降，无处不到……入于经络则麻痹疼痛，入于筋骨则头项胸背腰痛，手足牵引隐痛。即为其症。”清何梦瑶《医碥》中认为痰“积久聚多，随脾胃之气以汔，则流溢于胃肠之外、躯壳之中,经络为之壅塞,皮肉为之麻木，甚至结成窠囊，牢不可破，其患固不一矣。”
在骨伤科临床上，常见痰与风、寒、湿、瘀诸邪相合为患。痰湿入络，其症或损伤而致，而更多是积劳或过劳所致。因反复损伤，致气血呆滞，痰湿因之留恋，痰瘀交凝，筋损失用，而成缠绵难以之痛疾。损伤日久，如患处残留疼痛、肿胀、关节拘挛与屈伸不利，或皮肤不仁、肌肉萎弱、筋结成块等症，石氏认为此皆气虚而为邪所凑也。或本虚标实，或虚实夹杂，故不可凡伤者均论之为血瘀，须知日久必有兼邪。严用和《济生方》曰：“皆因体虚，腠理空疏，受风寒湿气而成痹也。”陈伤或劳损之类，多有阳气虚衰不足、卫阳不固，故腠理空疏，易遭致风寒湿三气杂至流走经络、凝滞血脉，遂成痹症，病情也往往较为复杂。由于人体之经络发源于脏腑，气血之运行亦有赖于脏腑，若痹症迁延不愈，波及脏腑，亦将导致络道不通，气血运行不畅,从而加重病情,调治亦较困难。故曰：及时温补脾肾,调和气血，是为“上工治未病也”。
关于风寒湿三者，石氏则尤重湿邪，认为伤损之后气血不和，痰湿每能凝滞经络。正如《仁斋直指》指出：“血气和平，关络条畅则痰散而无，气脉闭塞，脘窍凝滞，则痰聚而有。”在痰湿的论治中，石氏结合损伤的特点，特别强调与脾肾的关系。张介宾曾指出：“夫痰即水也，基本在肾，其标在脾。”故主张其治宜温补肾阳，“补火生土”以化散痰结。宗前贤之说，石氏治理痰湿亦每将化散之法与温补脾肾之阳相结合。以自拟化散痰湿之方“牛蒡子汤”为主合补中益气汤、金匮肾气丸等相参运用，而使痰湿阻滞渐消，气血失和日调。牛蒡子汤为牛蒡、僵蚕、白蒺藜、独活、秦艽、白芷、半夏、桑枝等组成。牛蒡子豁痰消肿，通十二经络。《本草备要》曰：“散结除风……利腰膝凝滞之气。”白僵蚕化痰散结《本草思辨录》曰：“治湿胜之风痰。”石氏伤科历来重视痰湿的化散，牛蒡、僵蚕等即为石氏家传方中医治痰湿之常用要药，若痰湿甚者，尚可加入制南星。大凡损伤病程较长者，临诊每见痹痛缠绵、关节僵凝，天气阴寒则更加剧，并可移行到损伤肢体以外的部位。对此气血不足，脉络久瘀，而风寒之邪留缠不已之证，治非辛温不能活血通经除痹，因而十分推崇《伤科补要》的“麻桂温经汤”，该方用麻黄、桂枝、红花、白芷、细辛、桃仁、赤芍、甘草等，临床应用时，如加入益气之参芪及温经止痛之川草乌等疗效更著。
如头部内伤，瘀阻于上，清气不升，浊气不降，神明被扰，瘀阻不散，使津液周流障碍，聚而成痰，痰瘀交凝，致使症情重笃难已。其治惟以祛瘀生新，升清降浊合豁痰开窍为法。常用菖蒲、南星、远志、竹沥、龙骨（其性又善利痰，受敛中仍有开通之力，张锡纯语）。其昏愦期，瘀热夹痰者，拟逐瘀醒脑，清热豁痰，取至宝丹清热开窍。清醒期，拟活血化瘀，升清降浊，取柴胡细辛汤，或用葶苈大枣汤加味。恢复期，痰浊阻滞者，治以化痰健运为主，以半夏白术天麻汤或温胆汤化裁，礞石滚痰丸可参用。
胸胁内伤，除了常用理气活血、化痰止咳之品外，往往用白芥子去除由气血凝聚而聚积于皮里膜外的无形之痰。
新伤骨折伤筋，常用用南星、万灵丹祛痰湿，以达消结散肿之效。痰瘀流注经隧所致者（包括周围神经损伤），宜益气活血，化痰通络之法。以补阳还五汤为主，配桂枝、南星、泽漆之类以温经化痰。痰湿入络者，宜祛风豁痰通络。石氏投牛蒡子汤方治此证，方中牛蒡子能豁痰消肿，通十二经络，《本草备要》言其“散结除风，利腰膝凝滞之气”；白僵蚕，化痰散结，《本草思辨录》谓“治湿胜之风痰”。两味合用，专治湿痰流注经络。兼风寒者，则配祛风散寒之属；气血阻遏则佐通经活血之品。
腰腿痛（腰突症），取牛蒡子、白芥子、泽漆、以化痰利水消肿，缓解神经根水肿。此由控涎丹的甘逐、大戟、白芥子化裁而来，用以减轻其毒性。石氏认为，虫类药，如蜈蚣，全蝎等都有化痰散结的功效。骨折后期患肢肿胀不消，石氏常取补阳还五汤加苍术、茯苓、泽泻、桂枝等以益气活血，健脾利湿，或酌加草乌、南星、泽漆以温化痰瘀，其效甚捷。正如朱丹溪所言：“治痰祛，实脾土，燥脾湿，是治其本。”
对于髋关节暂时性滑膜炎、股骨头骨骺炎、退行性膝关节炎等，除治以祛风活血、益气温阳之法外，常用健脾化痰之品治疗，如牛蒡子、炙僵蚕、地龙、南星、威灵仙、半夏、陈皮等。对于股骨头缺血性坏死的治疗，则常取熟地、山萸肉、巴戟肉等。石氏除在内治法中取法化痰浊外，在外治中也常用化瘀之法。如常用消散膏、黑虎丹，就是以化痰消散软坚之品治疗头皮血肿，瘀结成块，以及劳损疼痛，多有较满意的效果。痰之为患，变化多端，还须辩证施治。
痰本为人体津液，由于气血滞凝而致津液输布受碍，聚而成痰；或郁瘀化热则灼津成痰。与内科疾病中脾虚生湿酿痰有所不同，骨伤科多见于损伤气血不和，内生痰湿留络。总之，新伤多为痰瘀互结，劳损杂病多为痰湿入络。