《内经》论疾病发生之理，是基于阴阳而归结到气血。《素问·调经论》说：“血气不和，百病乃变化而生。“石氏认为：伤科疾病，不论在脏腑、经络（脉），或在皮肉、筋骨，都离不开气血。气血之于形体，无处不到。《素问·调经论》说：“人之所有者，血与气耳。“说明了气血的重要性。气属阳而血属阴，故气血是阴阳的物质基础，气血不和，即是阴阳不平而有偏胜；所以因损伤而致的疾病，亦关乎气血阴阳之变。
对于因损伤而成的疾病，其辩证论治原则，虽然说内伤应注意经络（脉），外伤当着重筋骨，但总不离乎气血，故伤科的理论基础，主要是建立在“气血并重”之上，不能专主血或专主气而有所偏。巢氏《诸病源侯论》说：“血之在身，随气而行，常无停积。“可知损伤而成之瘀血，是由于血行失度、不能随气而行之故。清沈金鳌《杂病源流犀烛》卷三十指出：“跌扑闪挫，卒然身受，由外及内，气血俱伤病也。”清胡廷光在《伤科汇纂》中更明白指出：“若专从血论，乃一遍之说也。”
石氏理伤的基础原则，亦是气血兼顾而不偏废的。然而形体之抗拒外力，百节的能以屈伸活动，气之充也；血的化液濡筋，成髓养骨，也是依靠气的作用；所以气血兼顾而宜“以气为主”。不过积瘀阻道，妨碍气行，又当祛瘀，则应“以血为先”。今以新伤来说，一般的内伤，有时发作较缓，受伤后，当时或不觉得什么，过后乃发作，对此类病情，治法多“以气为主”而予以通气、利气。倘为严重一些的外伤，如骨折、伤筋、脱臼等，其病态立现，其治就需“以血为先”而予以祛瘀、化瘀。临床所见，症情变化多端，必须随机应变。总之，“以气为主”是常法，“以血为先”是变法。这是石氏理伤对内治所掌握的原则。
明刘宗厚说：损伤是“外受有形之物所伤，乃血肉筋骨受病”，“所以，损伤一证，专从血论”（《玉机微义·卷四十三·损伤门》）。其实，这一观点并非刘氏首创。早在《内经》中就已指出：不可为期而致的“有所坠堕，恶血留内”等外伤，治从血论，通利泻瘀。《千金方》所辑的治疗伤损诸方也就是刘氏所提到的“须分其有瘀血停积，而（注：当为或）亡血过多之证”这两种类型都是从血而论的诊治方。刘氏则是把这一规律作出归纳，提出了纲领，遂对后世留下很深的影响。由此而始，其后伤科著作言及内治几乎都说“损伤一证，专从血论”，有时会使人误以为此为治伤的唯一法则。检阅刘氏原文，尚有以下言论：“宜先逐瘀血，通经络，和血止痛，然后调养气血，补益胃气，无不效也”，强调逐瘀后还要调养气血，并着重在补益胃气，这就不是“专从血论”了。他又说逐瘀的“大黄之药惟与有瘀血者相宜，其与亡血过多，元气胃气虚弱之人，不可服也”，这也不是“专从血论”。他甚至提出忠告：“有服下药过后，其脉愈见坚大，医者不察，又以为瘀血未尽而后下之，因而夭折人命，可不慎欤！”所以，对刘氏所说的“损伤一证，专从血论”应予以全面理解。明薛己作《正体类要》，在“正体主治大法”中，他提出“瘀血在内也，用加味承气汤下之”的同时，更强调要调益气血，如“青肿不消，用补中益气汤以补气”，“胸胁作痛，饮食少思，肝脾气伤也，用四君、芎、归、柴、栀、丹皮、”等，多处指出伤重更须“预为调补脾气”，“预补脾胃”。薛氏的依据是诊治百余例伤损患者，气血不虚者唯一人耳。薛氏《正体类要》序中明确提出“肢体损于外，气血伤于内”的观点。石氏通过丰富的临床实践，体会到薛氏之说诚为治伤之准绳。肢体者，即皮、肉、筋、骨所组成。每遇外伤，则皮肉筋骨首当其冲，肉眼易见，切（摸）之能辨。
气血者，滋沛乎脏腑、器官、组织，如发生病变或生理功能失常即可出现“气虚”、“气滞”和“血虚”、“血瘀”及“血热”的病理现象。这些病理现象在损伤性疾病中都能出现，尤其“气滞”和“血瘀”更与伤科疾患直接有关。
“肢体损于外，气血伤于内”含有两种意义：一是说如果受到外伤，筋骨皮肉固然首当其冲，但气血亦同时受到损害。任何外伤，除皮、肉、筋、骨有损外，必然会形成“血瘀”肿胀，从而阻滞筋脉引起疼痛。“通则不通，不通则通”其意是也。特别是脊柱受伤形成压缩性骨折的患者，其出现的症状更能说明此句话的含意。脊柱压缩性骨折是肢体受到外伤所出现的症状；疼痛剧烈，转侧起坐艰难，胸闷腹胀，便秘纳呆，则是“气血伤于内”的症象。“气滞”和“血瘀”二者俱见。
气运行于全身，应该疏通流畅，如人体某一部分或某一脏腑发生病变或受到外伤，都可使气的流通发生障碍，出现“气滞”的病理现象。疼痛、胸闷腹胀、便秘纳呆均是气滞的表现，尤其遇到内伤，如胸胁迸挫伤，腹部迸挫伤，更为多见“气滞”症状。“血瘀”是指全身血流不畅因血溢脉外局部有“离经”之血停滞，因而局部会出现肿胀、青紫、疼痛。从伤科门诊中遇见的脊椎压缩性骨折病人来看，都有疼痛，转侧起坐艰难，胸闷，腹胀，便秘，纳呆的症状。
在伤科疾病患者中气滞、血瘀每多同时并见，不但内伤如此，即使外伤之体，亦每伤及气血。一般说来，单纯气伤则仅是气滞疼痛，而血伤则成瘀。肿胀疼痛并见。《内经》曰“气伤痛，形伤肿”成形伤肿即指瘀血造成肿胀而言，这是因为伤者多少兼有血瘀，而血伤瘀凝，必致阻碍气机流通。“伤科临床中，每多气血两伤，肿痛并见，但有偏重伤气或伤血，以先痛后肿或先肿后痛等不同情况。二是说明在损伤的治疗中强调气血的辩证和治疗。气与血往往是不可分开的。正如清朝《沈氏尊生》所述的“气运乎血，血本随气以周流，气凝则血亦凝唉。”有些外伤仅局限于小部分肢体，造成血瘀青紫肿痛，似乎与气无关，这对于气血运动正常的健康患者来说，每能迅速恢复；而对体质素弱，特别是气虚患者，虽则轻微外伤，但肿痛等症状都迟迟不易消失，治疗中每需加入理气之药方能奏效。在伤科临床上单纯用活血化瘀药或者单纯用理气药的情况是少见的。有时虽有侧重，但两者均不可废偏。从祖国医学的角度来看，血和气沿经脉一起流行，互相联系，互相制约，是矛盾的对立统一。“气为血之帅”“血随气行”“气行则血行”“气滞则血凝”，因此治疗伤科疾患，不论内伤、外伤、内治、外治，都必须注意流通气血。因为“气血运行于全身，周流不息，外而营养皮肉筋骨，内而灌溉五脏六腑。”从另一种意义上说“肢体损于外，气血伤于内”这句话指出了虽然肢体损伤，但治疗不外乎气血两方面。以骨折为例，清朝陈士铎《辨证录》接骨门说：骨折的内治之法，必须活血去瘀为先，血不活则瘀不去，瘀不去则骨不接。说明治疗骨折应强调活血化瘀。而活血化瘀又离不开气的运行推动，特别到后期的用药，益气养血以收全功，更能说明问题。因此，筱山先生说：理伤宜气血兼顾，气血的关系则是以血为先，以气为主。首次提出了“以气为主”的观点。幼山先生从临床实际情况加以发挥，说：“气血兼顾，以血为先是临床常用的治标之法，以气为主的气血兼顾为刻刻留意的图本之计。这是石氏理伤掌握的原则”。气血理论是与损伤有关的基础理论的核心，也是指导治疗的关键。石氏正是在这一点上，继承前贤经验，在新的高度提出了带有规律性的观点，发展了伤科理论。