施氏学术思想中的“内外一体”论，实际上是对中医整体观念、病因学说、“标本”学说、治疗学等的高度概括。他认为：人体是一个完整的统一体，其机体内部各系统之间保持了完整的统一与和谐，同时人又与外界环境保持了完整的统一与和谐。所谓“天人相应”、治应“合人形以法四时”均是应合了这个道理。他指出：“外伤内损不可分”，治法可循“安内可以攘外”的原则，“调补虚损，可去实邪”。他的这些思想也是对《内经》“正气存内，邪不可干”等论断的继承和发挥。他常说，中医诊察疾病的过程，是一个“知外揣内”的推理过程。《内经》中的“百病之生，各有其因，因有所感，各显其症。”说明“有诸内必形诸外”的过程。诊察疾病时，应遵循审证求因，澄源溯流的思想；临床治疗时，应守以治病求本，标本兼顾的原则。在他作为总主编的《现代中医药应用与研究大系》中，以辩证法的对立统一观、质量互变观、局部与整体观、现象与本质观、内因与外因观和归纳、演绎、分析、综合、抽象、概括、比较等逻辑方法以及系统论、信息论、控制论等的思想方法来探讨和研究中医的经典著作。“内外一体”论是在这些研究基础上形成的施氏学术体系中较为典型的医学哲学思想。