大量医案提示， 姚氏治病， 始终掌握了整体观念与辨证论治的中医特色。认为眼具阴阳， 眼由脏腑精气腾结而成， 眼内各组织皆与内脏相应， 因而其所表现的生理功能与病理变化， 能直接或间接地反映出内脏的情况， 鉴于此， 对待眼病， 必须视作为整体的局部病变， 决不可单认为是眼本身的变化， 眼病形成， 全系阴阳失调， 脏腑偏胜， 如果能正确掌握治病求本原则， 掌握整体观念，进行辨证论治， 以纠正偏胜， 调和阴阳， 沉疴亦能挽回。姚氏曾说：眼科五轮学说是提示眼与整体之联系， 在很多情况下， 能解释眼的生理病理现象， 对治疗亦具一定指导作用。但古人用于临床，很多是过分偏重局部体征， 过分强调五脏主病， 对因脏腑偏胜同时引起的其他证候， 绝少考虑，所以对眼病不问症状如何， 皆臆断其由脏受病， 至于眼病各个症状之相互联系， 更缺乏整体认识， 从而产生一证一方的片面治疗观点， 这是与整体观念相违背的。因此， 姚氏强调：对待眼病必须全面看问题，要把眼病各个症状及整体所出现的表现结合起来，看其相互关系，从中分别主次，找寻阴阳偏胜与五行生克规律，然后议定方药，才真正符合辨证论治法则。
在强调整体观念的前提下， 姚氏相当重视探求病因病机， 因为这是治病求本的一个主要方面。病因可从眼局部与整体所表现的各种征象探求， 但有时全身症状不明显， 则需要详细分析病史， 找寻旁证对天地间自然界的骤然变化， 人事的变迁， 以及突然发生的体征， 更加予以注意。然后应用阴阳五行藏象经络与五轮学说等作深入细微分析， 达到治病求本的目的。同时， 姚氏亦曾提起:治病贵在应变。认为原则必须掌握， 但亦有一定灵活性， 需要随机应变， 辨证论治。因为眼病病因复杂， 症状出现， 可随各个阶段有所不同， 特别当情志波动、饮食失节、起居违和、天时变化、妇女胎产经带， 以及用药不当时， 皆可对眼部病变有所影响， 所以治疗用药必须注意病证转变， 从转变中看其阴阳进退， 邪正消长。姚氏多次告诫说:为医者必须行方智圆、胆大心细。所谓智圆， 就是医者必须注意病人的各个方面。譬如禀赋厚薄、年岁老小、身形肥瘦、性情缓急、境遇贵贱、病情新久， 以及天时风俗、生活习惯等等，要知常知变， 能神能明， 要因人因时因地制宜， 才合乎医道。