根据上述临床特征，在大规模流行时，诊断不困难。但散在发生时，须与口蹄疫、疱疹性咽颊炎、风疹等鉴别：
(1)口蹄疫由口蹄疫病毒引起，目前有7个血清型、65个亚型。主要侵犯猪、牛、马等家畜。对人虽然可致病，但不敏感。一般发生于畜牧区，成人牧民多见，四季均有。口腔粘膜疹易融合成较大溃疡，手背及指、趾间有疹子，有痒痛感。
(2)疱疹性口炎四季均可发病，以散在为主。一般无皮疹，偶尔在下腹部可出现疱疹。
(3)疱疹性咽颊炎，可由CoxA组病毒引起，病变在口腔后部;如扁桃体、软腭、悬雍垂，很少累及颊粘膜、舌、龈。不典型、散在性HFMD很难与出疹发热性疾病鉴别，须做病原学及血清检查。
医生通常能根据病人的年龄、病人或家长的诉说的症状，及检查皮疹和溃疡来鉴别手足口病和其他原因所致的口腔溃疡。可将咽拭子或粪便标本送至实验室检测病毒，但病毒检测需要2－4周才能出结果，因此医生通常不提出做此项检查。依据:流行病学资料、临床表现、实验室检查、确诊时须有病原学的检查依据。