口腔溃疡性损伤和皮肤斑丘疹为手足口病的特征性病变。光镜下斑丘疹可见表皮内水疱 ,水疱内有中性粒细胞嗜酸性粒细胞碎片 ,水疱周围上皮有细胞间和细胞内水肿 ,水疱下真皮有多种白细胞的混合型浸润。电镜下可见上皮细胞内有嗜酸性包涵体。
脑膜脑炎表现为淋巴细胞性软脑膜炎 ,脑灰质和白质血管周围淋巴细胞、浆细胞浸润 ,局灶性出血和局灶性神经细胞坏死以及胶质反应性增生。心肌炎表现为局灶性心肌细胞坏死 ,偶见间质淋巴细胞和浆细胞浸润。肺炎表现为弥漫性间质淋巴细胞浸润、肺泡损伤、肺泡内出血和透明膜形成 ,可见肺细胞脱落和增生，有片状肺不张。