子午流注纳甲法的开穴方法很多，计有阎氏纳甲开穴法、徐氏纳甲开穴法、单氏“一、四、二、五、三、零”规律开穴法、养子时刻注穴法等。在诸种纳甲开穴法中，徐氏纳甲开穴法是目前临床上应用最普遍的一种。徐氏纳甲法出自明代徐凤着的《针灸大全》，书中记载的“徐氏子午流注逐日按时定穴歌”及十幅“流注图”是徐凤根据金代何若愚撰，阎明广注的《子午流注针经》改编而成的。
徐氏纳甲法是根据日、时干支来推算开穴的，推算开穴的顺序是：以日干定值日经开井穴，再依次按时干所属脏腑、经络开取荥、输（原）、经、合穴，然后根据“我生他”和“他生我”的原则开取心包经和三焦经的五腧穴。分述如下：
（1）开值日经井穴法
根据“阳进阴退”的原则开值日经的井穴。天干有十数，十天干配十经脉是：甲为胆经、乙为肝经，丙为小肠经，丁为心经，戊为胃经、己为脾经、庚为大肠经，辛为肺经，壬为膀胱经，癸为肾经。每日都有一经值日，当日日干所属的经脉即是值日经。经气“所出为井”，即经气流注从井穴开始，所以每日先开值日经的井穴。
“阳进阴退”是用来开次日值日经井穴的一种规律。天干属阳主进，地支属阴主退，所以天干由甲进乙、由乙进丙、由丙进丁……，此为阳进；地支由戌退酉、由酉退中、由申退未……此为阴退。为什么阳进从甲始、阴退从戌始呢？这是因为甲为天干的第一个阳干，天干属阳主进，所以天干进从甲始；戌为地支的最后一个阳支，地支属阴主退，所以地支退从戌始。
根据“阳进阴退”规律开值日经井穴的具体方法是：把天干甲定在掌中的“戌”位上，天干逆时针方向运转（见图17），即得甲戌至壬寅等九组干支，加上癸亥共为十组干支，这十组干支便是各日开值日经井穴的时辰干支。即甲日于甲戌时开胆经井穴窍阴，乙日于乙酉时开肝经井穴大敦，丙日于丙申时开小肠经井穴少泽，丁日于丁未时开心经井穴少冲，戊日于戊午时开胃经井穴厉兑，己日于己巳时开脾经井穴隐白，庚日于庚辰时开大肠经井穴商阳，辛日于辛卯时开肺经井穴少商，壬日于壬寅时开膀胱经井穴至阴，至于癸日则不按“阳进阴退”规律在丑时开井穴，而在癸亥时开肾经井穴涌泉。
为什么癸日不在癸丑时开肾经井穴涌泉而在癸亥时开呢？这是因为流注从甲日开始开穴，每日有一经脉值日，每日值日经历11时，10日共历110时；而1日有12时，10日共有120时，110时与120时相比，相差10时，即是流注到了癸日，即空下10个时辰。十二经脉流注是如环无端的，为了不影响流注一周和再周循环，所以癸日不能在癸丑时开井穴而在癸亥时开肾经井穴涌泉。附阳进阴退开井穴表，表16。
（2）循经开穴法
以每日所开井穴所属的经脉为值日经，每日值日经开过井穴后，即根据时干所属脏腑、经脉，按荥、输（原）、经、合穴的顺序，阳日阳时开阳经穴，阴日阴时开阴经穴。每隔一个时辰开一穴。所谓阳日、阴日，是指值日经主气日，阳经值日则为阳日，阴经值日则为阴日。如：天干日的甲日从甲子时起至乙亥时止，而胆经值日则是从甲日的甲戌时起至乙日的甲申时止。
每日开输穴的时候，适当值日经原穴脉气所过，必须同时开值日经的原穴，这叫“返本还原”，本指本日值日经，原指值日经原穴。如：胆经值日于甲日甲戌时开胆井窍阴后，至乙日的戊寅时开胃输陷谷，同时“返本还原”开胆经（值日经）的原穴丘墟。
阳经值日开完五腧穴后，根据三焦为阳气之父，诸阳气皆归于三焦的原则，按“他生我”（穴生经）的原则于“日干重见时”开三焦经的五腧穴，这叫“气纳三焦”。“他”指三焦经的五腧穴，“我”指值日经。如：甲日为胆经值日，甲日于甲戌时开胆经井穴窍阴，于乙日甲申时（日干重见时）气纳三焦开三焦经的荥水液门。
图19乙肝主气日流注开穴
图缺
歌诀：乙日酉时肝大敦，丁亥时荥少府心，
己丑太白太冲穴，辛卯经渠是肺经，
癸巳肾宫阴谷合，乙未劳宫火穴荥。
阴经值日开完五腧穴后，根据包络为阴血之母，诸阴血皆归于包络的原则，按“我生他”（经生穴）的原则于“日干重见时”开心包经的五腧穴。这叫“血归包络”。“我”指值日经，“他”指心包经五腧穴。如：乙日为肝经值日，乙日于乙酉时开肝经井穴大敦，于丙日乙未时（日干重见时）血归包络开心包经的荥火劳宫穴（见图19）。
例如：甲属胆，甲日为胆经值日，该日于甲戌时开胆经（值日经）井穴窍阴。甲戌下一个阳时为乙日的丙子时，按井、荥、输（原）、经、合、纳的流注开穴顺序，甲戌时开井穴后，丙子时就应开荥穴，开哪条经的荥穴呢？这要看时干属于哪一经脉，时干为丙，丙属小肠，所以丙子时应开小肠经的荥穴前谷。丙子时下一个阳时为戊寅时，戊属胃，所以戊寅时应开胃经的输穴陷谷，同时“返本还原”开胆经（值日经）的原穴丘墟。戊寅时下一个阳时为庚辰时，庚属大肠，所以庚辰时应开大肠经的经穴阳溪。庚辰下一个阳时为壬午时，壬属膀胱，所以壬午时应开膀胱经的合穴委中。壬午下一个阳时为甲申时，与第一个时辰甲戌同起于甲，此为“日干重见”，此时五腧穴均已开过，阳经根据“气纳三焦”和“他生我”的原则开取三焦经的五腧穴。“他”指三焦经的五腧穴，“我”指值日经。那么甲申时应开三焦经的哪一个五腧穴呢？甲属木，水能生木，三焦经哪一个五腧穴属水呢？前面已述阳经井穴起于金，井、荥、输、经、合的顺序是金、水、木、火、土，三焦经的荥穴液门属水，所以甲申时应开三焦经的荥水液门穴。
又如：乙属肝，乙日于乙酉时开肝经井穴大敦。乙酉下一个阴时为丁亥时，丁属心，按井、荥、输（原）、经、合的流注顺序，丁亥时就应开心经的荥穴少府。丁亥下一个阴时是丙日的己丑时，己为阴土属脾，应开脾经的输穴太白，同时返本还原开肝经（值日经）的原穴太冲（阴经以输代原）。
图20丙小肠主气日流注开穴
图缺
歌诀：丙日申时少泽当，戊戌内庭治胀康，
庚子时在三间俞，本原腕骨可袪黄，
壬寅经火昆仑上，甲辰阳陵泉合长，
丙午时受三焦水，中渚之中仔细详。
己丑下一个阴时是辛卯，辛属肺，当开肺经的经穴经渠。辛卯下一个阴时是癸巳，癸属肾，当开肾经的合穴阴谷。癸巳下一个阴时是乙未，与第一个时辰乙酉同起于乙，此为“日干重见”，此时五腧穴均已开过，阴经则按“血归包络”和“我生他”的原则开取心包经的五腧穴。乙为阴木，木能生火，所以乙未时当开心包经的荥火劳宫穴（见图19）。其余各日流注开穴均按甲、乙二日类推。附丙、丁、戊、己、庚、辛、壬、癸等各日的流注开穴掌上图及徐凤“六十六穴逐日按时定穴歌”以便参考（见图20—27）。
图21丁心主气日流注开穴
图缺
歌诀：丁日未时心少冲，己酉大都脾土逢，
辛亥太渊神门穴，癸丑复溜肾水通，
乙卯肝经曲泉合，丁巳包络大陵中。
图22戊胃主气日流注开穴
图缺
歌诀：戊日午时厉兑生，庚申荥穴二间迁，
壬戌膀胱寻束骨，冲阳土穴必还原，
甲子胆经阳辅是，丙寅小海穴安然，
戊辰气纳三焦脉，经穴支沟刺必痊。
图23己脾主气日流注开穴
图缺
歌诀：己日巳时隐白始，辛未时中鱼际取，
癸酉太溪、太白原，乙亥中封内踝比，
丁丑时合少海心，己卯间使包络止。
图24庚大肠主气日流注开穴
图缺
歌诀：庚日辰时商阳居，壬午膀胱通谷之，
甲申临泣为俞木，合谷金原返本归，
丙戌小肠阳谷火，戊子时居三里宜，
庚寅气纳三焦合，天井之中不用疑。
图25辛肺主气日流注开穴
图缺
歌诀：辛日卯时少商本，癸巳然谷何须忖，
乙未太冲原太渊，丁酉心经灵道行，
己亥脾合阴陵泉，辛丑曲泽包络准。
图26壬膀胱主气日流注开穴
图缺
歌诀：壬日寅时起至阴，甲辰胆脉侠溪荥，
丙午小肠后溪俞，返本京骨本原寻，
三焦寄有阳池穴，返本还原似的亲。
戊申时注解溪胃，大肠庚戌曲池真，
壬子气纳三焦寄，井穴关冲一片金，
关冲属金壬属水，子母相生恩义深。
图27癸肾主气日流注开穴
图缺
歌诀：癸日亥时井涌泉，乙丑行间穴必然，
丁卯俞穴神门是，本寻肾水太溪原，
包络大陵原并过，己巳商丘内踝边，
辛未肺经合尺泽，癸酉中冲包络连，
子午截时安定穴，留传后学莫忘言。
上面所述的“流注开穴”是指值日经主气日的流注开穴，它与天干日的流注开穴是有所区别的。如：甲胆主气日流注开穴，从甲日甲戌时起开胆井窍阴，依次流注至乙日的丙子时开荥穴，戊寅时开输穴、庚辰时开经穴、壬午时开合穴、甲申时气纳三焦开液门穴。而甲日是从甲子时起，历经乙丑、丙寅……至乙亥时止。临床上应用子午流注纳甲法是以天干日来计算开穴的，所以有些时辰的开穴必须从上一日值日经的流注开穴去找。如：胆经值日从甲日甲戌时起开胆井窍阴，而甲戌时以前的十个时辰（甲子、乙丑、丙寅、丁卯、戊辰、己巳、庚午、辛未、壬申、癸酉）都是肾经值日时的流注开穴所过，所以寻找甲戌以前10个时辰的流注开穴应从肾经值日的流注开穴去找。如：甲日的辛未时，因辛未时在胆经开井穴甲戌时之前，为肾经值日主气，推算开穴当从癸日去找，肾经值日于癸日癸亥时开肾井涌泉，至甲日的辛未时开肺经合穴尺泽，所以甲日的辛未时开肺合尺泽。余皆类推（见表17）。
（3）合日互用法
子午流注逐日按时开穴是阳日阳时开阳经穴，阴日阴时开阴经穴。如阳日遇阴时或阴日遇阳时无穴开怎么办？此时可根据病情和甲与己合、乙与庚合、丙与辛合、丁与壬合、戊与癸合的规律开取互用穴，即是在同一干支时辰合日可以互用开穴，这就是合日互用。正如《医学入门》所说：“阳日遇阴时，阴日遇阳时，则前穴已闭，取其合穴针之。合者，甲与己合化土，乙与庚合化金，丙与辛合化水，丁与壬合化木，戊与癸合化火。”又说：“阳日阳时已过，阴日阴时已过，遇有急疾奈何？曰：夫妻子母互用，必适其病为贵耳。”（《针灸大成·卷五》）。
如：甲日乙亥时为阴时，无穴开，可取己日乙亥时所开之穴。用掌上法推算：先确定乙亥时在己日开井穴的前或后，若在己日开井穴之后，则找脾经值日时的开穴，若在己日开井穴前，则找己日前一日的经脉值日时的开穴。己日在己巳时开脾井，乙亥时在己巳时之后，所以应从脾经值日找开穴——己日在己巳时开脾经井穴隐白，在乙亥时开肝经经穴中封（见图23）。所以甲日的乙亥时可开取己日乙亥时的中封穴。又如：乙日丙戌时为阳时，无穴开，可取庚日丙戌时的阳谷穴（见图24）。
如：甲日丙寅时，我们知道甲日从甲戌时起开胆井窍阴，而甲日甲戌时以前的10个时辰为肾经主气，但丙寅为阳时，值日经为阴经，阴日阳时无开穴。用甲己合日互用法，从己日去找互用穴：己日从己巳时起开井穴，丙寅为己日己巳时前的时辰，为胃经主气。胃经值日从戊日的戊午时起开井穴厉兑，至己日的丙寅时开小肠经的合穴小海。所以甲日丙寅时可开取小海穴（参看图22）。
为什么合日可以互用开穴呢？因为一天有十二个时辰，五天共是六十个时辰，正好是一个六十甲子周；十天共是一百二十个时辰，正好是两个甲子周，前一个甲子周与后一个甲子周干支都是相同的。即甲日和己日都是从甲子时起至乙亥时止，乙日和庚日都是从丙子时起至丁亥时止，丙日和辛日都是从戊子时起至己亥时止，丁日和壬日都是从庚子时起至辛亥时止，戊日和癸日都是从壬子时起至癸亥时止。天干逢五相合，合日的时辰干支都是相同的。《医学入门》说：“合者，甲与己合化土，乙与庚合化金，丙与辛合化水，丁与壬合化木，戊与癸合化火，五门十变，此之谓也。”所以合日可以互用开穴（见表18）。
（4）按穴推时法
按穴推时是指根据病情预先选好与病情相适合的五腧穴，并推算出该穴的开穴时间，然后与病人预约，定时开穴治疗。
①十干经五腧穴推时法
十干经是指十二经除心包经和三焦经以外的十条经脉，这十条经脉分别与十天干相配合（见“十二经纳干歌”），所以称其为十干经。十干经五腧穴的开穴时干均与该穴所属经脉的天干相同。
井穴推时法：该穴所属经脉的天干即是其开穴的日干和时干。如：少商为辛金肺经之井穴，根据“阳进阴退”开井穴规律，把甲定在掌中“戌”位上，天干逆时针运转数至辛，则辛所配地支为卯，所以肺井少商穴应在辛日辛卯时开（见图17）。余皆类推。
荥、输、经、合穴推时法：该穴所属经脉的天干即是其开穴的时干。参看图18～27：荥、输、经、合穴所属经脉的天干分别前进八位、六位、四位、二位（歌诀：“荥、输、经、合，八、六、四、二”），即为值日经的所属天干。从该值日经开井穴的时间数起，顺推下去，即得该日荥、输、经、合穴的开穴时间。如：委中为膀胱经的合穴，壬属膀胱，天干“壬”前进两位为甲（壬→癸→甲），所以值日经为甲胆。胆经值日干甲日甲戌时开胆井，至乙日的壬午时开膀胱经的合穴委中。又如，前谷穴，前谷是小肠经的荥穴，丙属小肠，天干“丙”前进八位为甲，所以值日经为甲胆，胆经值日于甲日甲戌时开胆井窍阴，至乙日的丙子时开小肠经荥穴前谷（见图18）。余皆类推。
②原穴推时法
原穴的开穴时间即其所属经脉值日时开输穴的时间（三焦、心包经的原穴则分别在膀胱经、肾经值日开输穴时开，因三焦、心包经分别归属于膀胱经和肾经）。如：丘墟为甲木胆经之原穴，胆经值日于甲日甲戌时开胆井窍阴，于乙日丙子时开荥穴，于戊寅时开胃输陷谷，同时“返本还原”开胆经原穴丘墟（见图18）。又如：心包经原穴大陵，心包络归属于肾经，癸属肾，肾经于癸日癸亥时开井穴，至甲日的丁卯时开心经的输穴神门，同时“返本还原”开肾经、心包经的原穴太溪、大陵（见图27）。
③三焦经五腧穴推时法
阳经值日开完五腧穴后于“日干重见时”按“气纳三焦”和“他生我”的原则开取三焦经的五腧穴。因此，根据该穴的五行属性，该穴所生之经即是值日经，该值日经开过五腧穴后“日干重见时”即是该穴的开穴时间。如：液门穴，液门为三焦经之荥穴，属水，水能生木，值日经属木，胆属阳木，甲木胆经值日于甲日甲戌时开井穴，至乙日甲申时（日干重见时）气纳三焦开液门穴（见图18）。余皆类推。
④心包经五腧穴推时法
阴经值日在开过五腧穴后于日干重见时按“血归包络”和“我生他”（经生穴）的原则开取心包经的五腧穴。所以，根据该穴的五行属性，该穴之母即是值日经，该值日经开过五腧穴后“日干重见时”即是该穴的开穴时间。例如：劳宫穴为心包经的荥穴，属火，木能生火，故知值日经属木，肝属阴木，乙木肝经值日于乙日乙酉时开肝经井穴大敦，至丙日乙未时（日干重见时）“血归包络”开心包经的荥火劳宫穴（见图19（图缺））。余皆类推。