阴茎、阴囊损伤的治疗原则与一般软组织的损伤相似，处理这类损伤时应注意以下几点。
一、阴茎损伤
要注意有无合并尿道损伤。阴茎外伤手术应尽量保护阴茎长度，不要轻易切除组织。若阴茎完全离断也应积极进行处理：立即给予静脉补液及广谱抗生素，将离体段阴茎浸泡于加入肝素和庆大霉素的冷盐水中，然后进行阴茎再植手术。国内有将阴茎完全离断23h再植成功的报道。
二、阴囊皮肤撕脱伤
应尽早清创缝合。若缺损过大可行植皮术。
三、睾丸挫伤
闭合性损伤无明显血肿时不须手术治疗，应静卧休息，悬吊阴囊，早期冷敷以后局部热敷。
四、睾丸破裂的诊断
除急性外伤外，伤处均有剧烈疼痛，或伴有恶心、呕吐及下腹痛，阴囊肿大，皮肤有阏斑，局部压痛明显，睾丸界线不清。但应注意与睾丸扭转、挫伤和阴囊血肿等鉴别。近年来还提倡睾丸扫描以助诊断。1982年McConnell等报告15例睾丸破裂，其中5例术前做了睾丸扫描，根据图象中心区缺损诊断睾丸破裂，经手术证明诊断符合率100％。睾丸破裂可形成鞘膜囊积血。以后可发生继发感染及睾丸坏死萎缩，故应早期手术，切开引流，结扎出血点，缝合睾丸白膜。如睾丸严重破坏实在不能缝合时可予以切除，但应尽量避免切除双侧睾丸。
创伤性阴囊内双侧精索完全断离较为少见，国内有通过显微外科技术，将有精索之睾丸与近心端精索作再植。术后阴茎有正常勃起，血睾丸酮在正常范围。
五、睾丸或精索扭转
睾丸扭转是一种比较少见的阴囊急症，睾丸下降不全或睾丸系带过长时容易发生扭转。该病的主要症状是突然发作的局部疼痛，可以向腹股沟及下腹部放射，可伴有恶心及呕吐。主要体征是阴囊皮肤局部水肿，患侧睾丸上缩至阴囊根部；睾丸轻度肿大并有触痛；附睾摸不清；体温轻度上升。本病应特别注意和附睾炎进行鉴别。主要应注意如下几点：①睾丸扭转发病年龄多在青少年，而附睾炎多发生于成年人；②睾丸扭转大多起病急，局部症状较重，全身症状轻，而急性附睾炎起病较缓，常伴有发热；③附睾炎能比较清楚地触及肿大的附睾轮廓，而睾丸扭转时，附睾的轮廓往往摸不清；④睾丸扭转的病人往往睾丸上缩，而附睾炎的病人睾丸常下垂。
睾丸扭转的早期，阴囊内无渗液，皮肤无水肿时可以通过手法复位治愈。如手法复位失败应尽早手术复位。睾丸已坏死者应手术摘除。