一、手足皮纹合诊的理论基础
如前所述，人体手足皆与脑密切相关，手足皆为人体四肢末端，十二脉皆发源或归注于手与足部，如手之三阳经起源于手、足之三阴经起源于足，手之三阴经终止于手、足之三阳经回归于足。奇经八脉中的冲脉、阳蹻、阴蹻、阳维、阴维等也皆起源于足，因此手足为经气发源和转输交接的要地。阳气初生，经气皆较为旺盛，故《内经》曰：“四肢者，诸阳之本”（《素问·阳明脉解》）及“四肢者，阳也”（《素问·逆调论》）都说明手足四肢阳气的盛衰和人体的脏腑经络密切相关。又《灵枢·动输》曰：“四末阴阳之会”皆说明手足四末是人体经气相贯、阴阳交会之处。另外，五输穴中的井、荥、输穴位于手足，皆为脏腑相应的重要穴位，如井穴位于指、趾之尖端，直通心脑，可作昏迷复苏之用，荥穴、输穴与内脏也很相关，故《灵枢·顺气一日分四时》指出：“病在藏者取之井，病变于色者取之荥，病时间时甚者，取之输。”便可说明位于四肢末端的输穴，对人体的重要意义。此外，分布于腕、踝关节的原穴、络穴都是调治内脏的要穴，亦进一步说明了手、足部位经气集中，五脏六腑气血的盛衰皆可反映之。另外，手足部位均有五脏六腑的投影区，手掌和足掌部皆有人体脏腑较全面的缩影。五脏病理可反映于手足，同样通过手足可治疗及改善五脏的功能，如运动手足可改善大脑功能，针刺、皮下埋藏、按摩手足可治疗相应内脏的疾患，如按摩脚掌可延年益寿，据报道按摩左脚第四、五趾，可以缓解心脏疼痛。
二、指、趾、掌，跖纹的综合先兆意义
（一）遗传学方面
根据指、掌、趾、蹠纹的近似可判断亲缘关系，并可判断一卵挛生还是双卵挛生，具体取决于纹形的近似和纹线总数的相近。
（二）医学方面
根据皮纹的变异可以预测许多先天性遗传性疾病，包括性染色体变异性疾病，常染色体变异性疾病、基因畸变疾病以及其他遗传疾病。皮纹变化特点是纹形的变化往往不是单一的，而是指、掌、趾、蹠纹的多种综合异常。先天性遗传疾病，主要取决于染色体的变异。人体一共有46条染色体，其中与性别有关的染色体为一对，称为性染色体，男子为X及Ｙ染色体，女子是X染色体，其余为常染色体共22对，这两种染色体负载着基因即遗传物质，对人体的生长发育起着决定性的作用。如果染色体出现异常，包括结构异常，数量的增减等，都会导致各种先天性遗传病（又称染色体疾病）。
1．女子性遗传疾病染色体畸变特征为X染色体先天缺损一条，皮纹特征除拇指为箕形外，其余几乎为斗形，掌第5号角（ａｔｄ角）极底，为65°度，纹线总数增高大大超过常数（正常女子为122条）提示先天性卵巢发育不全症。
2．男子性遗传疾病其染色体畸变特征为X染色体先天性多了一条，皮纹特征是指纹的弓形纹出现频率高，箕形纹减少，纹线总数比正常大大减少（男子正常为144条），提示先天性睾丸发育不全。
3．先天性愚顿（唐恩氏综合征）为常染色体畸变的疾病。其皮纹特征为：①指纹方面发现80％为箕形纹，尺侧小指及第四手指箕形纹为反箕频率增高。②掌纹屈肌线缺损，出现通贯手（猩猩纹）。③掌纹第5号三角高位上移，远端轴三角大（ａｔｄ角75．9°度），称为先天性愚症皮纹畸变三联症，同时在足纹方面包括趾纹亦有箕形纹增多及足前掌跖纹出现胫侧了。
4．大脑—肝—肾综合征为基因畸变引起的遗传性疾病，皮纹变异特征与先天性愚型皮纹变异三联症雷同。
5．先天性心脏病皮纹畸变特征为常有手掌远端轴三角及小鱼际花纹、指纹弓形纹少，远心横屈纹淡。
6．先天性遗传性精神分裂症皮纹畸变特征为指纹弓形纹多，手掌ａｔｄ角增大。
7．先天性遗传性白血病皮纹畸变特征为手掌有猩猩纹，弓形纹增多，尺侧指箕形纹减少。
8．先天遗传性重症肌无力皮纹畸变特征为指纹斗形增多，尺侧箕出现率减少。此外，麻疯皮纹畸变特征为斗形纹增多，手掌纹轴三角底位下移。其他，大小鱼际对疾病也同样有预测意义，如大鱼际痿缩为麻疯之征，大鱼际殷红为肝硬化之兆，小鱼际有横沟，弧形短纹为糖尿病之先兆。