同源，指同源理论，属于生物进化理论范畴。具体指同源器官，所谓同源器官，指人体结构相同，来源相同的器官。来源相同即祖先相同，包括两个内容，一是生物进化史上的同源，一是人体胚胎发育过程的同源。因为是同源，所以这些器官进化到人类阶段，虽然外形和功能已经有所不同了，但却存在着特殊的血源关系和潜在的病理联系，因此在探索潜病预报方面有着重要价值。
人类的进化过程是漫长的，人类是历史发展的产物，人类是从脊椎动物中哺乳类的一支灵长类进化来的，也即从脊椎动物演化而来。脊椎动物经历了6亿年的演化过程，从无脊椎动物进化到脊椎动物已经是进化史上的巨大飞跃，人类的出现则是自然发展史上的又一个伟大创举。
生物在不停地进化着，个体胚胎时期的演化是系统进化的缩影，即个体胚胎时期重复了种族的进化过程。故德国生物学家赫克尔称之为“生物发生律”，又叫“重演律”，然而虽名曰“重演”，但每一代皆重新发育一次，也即是在一个更高层次上的重复。
胚胎时期的重演律，提供了“同源器官”的理论依据，同源器官指内部结构相同，且来源于共同祖先的器官。胚胎时期的演化过程即是生物进化过程的“活化石”，也就是种族进化的再现，从人类胚胎时期的演化，可以掌握“同源器官”的规律，对充实和发展中医脏象理论具有重要意义。如人的个体发生，从受精卵开始，历经囊胚、原肠胚、三胚层胚，反映了整个脊椎动物的进化过程。
人体胚胎的发生过程主要为三胚层，三胚层包括外、内和中胚层，由此而衍生人体的全部组织和器官，其中外胚层分为脑、脊髓、及皮肤系列、汗腺、乳腺等；中胚层分化为心、血管、淋巴，肾、卵巢、睾丸及骨骼、肌肉组织；内胚层分化为胃肠、呼吸道上皮、扁桃腺、膀胱、尿道上皮、肝、耳、甲状腺等。
同源器官之间具有互病的特点，即只要其中一个器官有病，则另一个器官也会相应而病，达尔文称之谓“相关变异”（《物种起源》）。这一现象中医《黄帝内经》早已有所记载，如《素问·上古天真论》曰：“五八，肾气衰，发堕齿槁”，说明肾、发、齿胚胎同源，因此在病理上也“同病相连”。客观上为从发、齿预测肾病，提供了又一理论依据。
总之，器官的“同源”关系，提示了人体脏器之间新的相关性的理论依据，充实了脏象整体性的内容。因为是同源器官，因此必然有一定的血缘关系，也必然存在着病理生理的影响，这就为潜病预报开辟了新的领域，也为同源同治打开了通道。