一、辨证代替不了辨病
证，是疾病的阶段病理反映，是通过四诊在中医理论的指导下，对疾病表现出来的各种病症、病性、病因、病位的综合结论；病是疾病全过程的本质反映，二者的关系为：病是根本，证既是现象也是本质反映。但归根结底证是病的反映，辨病是解决疾病的基本矛盾，而辨证则只是解决疾病的主要矛盾，证是包含和从属于病的，合而言之曰病，分而言之曰证。因此，从标本关系而言也只能是辩病为前提，病证并重，而不能不辨病只辨证。更有甚者随症设方、因症施治，严重阻碍了辨病的深入，是潜病不能揭示的障碍之一。
二、证、病常不一致
（一）假证、倒证
病是本质，证是病的反映，证虽然是本质的反映，但毕竟与本质有一定差距，由于个体的差异，反映于外的现象，其严重程度不一定和疾病本质成正比，有时现象较轻，而本质已很重，有时出现交叉证。假象常常掩盖了本质的真象，说明现象和本质可以不一致，每每歪曲地甚而颠倒地反映着本质。临床上出现假证、倒证的不乏其例，说明证、病存在着不一致的情况。因此只强调辨证，就难以反映疾病的本质，更无从发现潜病的存在。
（二）有病无证
由于局部变化经常不能及时反映于整体，有时只是部分地反映出来，因为内外的不一致性，而常出现无证可据的情况，这是极为不利的现象。所谓无证，并非真无证，乃疾病隐匿潜在之故，无证可辨势必导致疾病的隐匿。临床上，局部变化与功能失常的改变常不一致，如冠状动脉硬化性心脏病，局部已发生了管腔狭窄和瘀阻的实质，但在心脏血液循环并未明显出现障碍之前，可以无症状反映，这些都取决于人体代偿功能的个体差异。总之，在一定阶段内，一些疾病，尤其是一些机体已经适应了的，处于相对稳定、进展较慢的疾病，更无明显症状表现出来。足见，只靠辨证，难以囊括辨病，同时也说明不深入辨病，难以揭示潜病。
（三）有证无病
由于局部与整体、功能与形态之间的矛盾，局部病变与症状也常不相符合，因此也可出现有证无病的情况，如由于心外因素引起的心功能不全，和心脏本身病变的关系并非成正比。临床上所谓有证无病，大多是隐匿的病，并非真无病，无病的证实际上是不存在的。有些是受诊断水平的限制，对疾病尚未能认识之故；有些情况则由于整体功能协调障碍，故反映出来的证与局部器质性改变并非都成正比。因此也可出现证显病隐的情况。此外，在一定情况下还可出现证病显隐的转化，证病之间的显和隐只是相对而言……。以上通过证，病之间的显隐关系，进一步说明辨证确实难以概括辨病，只有深化辨病才能早日披露潜病。
三、整体连贯性不够
证，虽然是疾病的本质反映，然毕竟只是对疾病一定阶段的病因、病理、病位的概括。疾病不是孤立的，一个疾病的全过程是由一系列具有内在联贯的证构成的，这一阶段病理既是前一阶段的果又是后一阶段之因。疾病的各个病理阶段是不可分割的，辨证论治虽然是在整体观思想指导下进行的，但终归是以阶段病理立方的，在整体及全过程的连贯方面，必然有一定限制。辨病的发展总趋势是纵向的，而辨证相对而言则是横向的，必须纵横相贯才能综观全貌。
总之，一个疾病其各阶段的反映是相衔接的，不能只注意证的变化而忽视病的全貌。在治疗过程中，不能忽略疾病本质规定影响下的连贯性，也即通过辨病把各阶段的证连串起来，并贯穿于治疗的始终，才能克服随证变方的被动局面。如此方能提高疗效，缩短疗程，例如肺痈，虽然各阶段均有所不同，但根据肺痈的致病特点，如全程皆辅以鱼腥草，败酱草、大青叶之类解毒药，便能增强疗效，减少并发症，缩短疗程。
四、疾病的特异性治疗不足
辨证论治的缺陷之二，是诊断较笼统，着重于共性方面的东西，对疾病的特殊性则较为忽略。然而“不同质的矛盾只有用不同质的方法才能解决”（《矛盾论》）。治病也不例外，一个疾病犹如一把锁，只有一把钥匙才能打开，如膏淋，其中前列腺炎的浊尿，丝虫病的乳糜尿，虽然皆表现为湿热证，但各自都有着本质的区别，故治疗必然也应有所区别。再如肝风内动一证，脑血管破裂和脑血栓形成皆可出现本证，但却有本质的区别，前者须镇肝熄风潜阳，后者则应豁痰化瘀通络，说明辨别疾病，根据疾病的特异性进行治疗具有十分重要的意义。
五、疾病的局部治疗不够
局部病变可以是整体病变的结果，也可以是整体病变的原因，而局部病变和整体病变又互为病理因果关系。因此，不认识局部的病变就无法揭示疾病的本质，例如，胃脘痛一证既可出现在胃癌患者，也可发生于消化性溃疡，而胃癌和消化性溃疡的治疗却有质的不同，如只按辨证，无论是肝胃郁热或阴虚血瘀，皆不能代替这两种病的根本治疗。局部治疗和整体治疗当然各有所侧重，这就应根据二者在疾病全程中所处的地位来决定。有些急性疾病，局部组织形态上并无明显改变，但其潜在已危及患者的生命，就应以整体为重。反之，有些疾病如癌，局部已有明显病变，而全身却可以无证，因此不能忽视局部。有时对一些疾病，为了迅速改变全局状况，往往先以局部治疗为前提，如癥瘕、瘀血、痰证、炎证……而有时又只有从一系例局部变化中才能认识整体变化，然这些正是辨证论治容易忽略的地方。
六、致病因子治疗不足
中医辨证论治比较着重于机体对疾病的反应状态，主要在于调整机体内环境，调动整体的抗病能力，从而达到间接驱邪的作用。相对而言，对于从局部直接作用于致病因子的方法却不太重视，当然这是按照“正气存内，邪不可干”立论的。然而一些疾病，虽然机体内环境改变了，致病因子失去了作用的条件，但少数致病因子仍在局部盘踞不散，犹如避风港湾受不到浪涛的冲击一样，仍然不断对整体产生作用。如能在调整机体环境的前提下，再辅以针对致病因子的药物，直接作用于致病因子，这样间接加直接，整体合局部才能更快更好地获得疗效。不少疾病除按照中医辨证分型论治外，如自始至终都辅以一定的直接作用于致病因子的特效药物，则不但可缩短疗程，而且有助于疾病的根治。
上述说明只有辨病才能清楚地掌握一个疾病的全过程的各个阶段。试想没有疾病全过程的统一性和每一个病种的特异性，这样的辨证能全面地反映疾病的本质吗？
七、异病同治存在着问题
异病同治包括病机异而证候相同，或病机同而病位异等，甚至包括病异证反。病异证反可通过中药的双向调节作用达到异病同治的目的（具润浦，试论中医药对病与证的双向调节作用，中西医结合杂志，1983，6期）。异病同治有利之处在于灵活机动，因人制宜，但异病同治往往易忽略疾病的特异规律。证虽然相同，但疾病本质不同，如瘿瘤、瘰疠同样为痰郁互结经络，都可表现为痰核证，虽然都应用化痰之法，但解郁化痰只应是一个大的原则，瘿和瘰疠是不同本质的疾病，又必须各自辅以特定的治疗，如果忽略疾病的个性及特殊性，势必使治疗与整体割裂。还要注意的是异病同治是有限的，并非同证皆可同治，有时病不同证同，治疗却有质的区别。如不深入辨病还易造成误诊、漏诊。如笔者曾治两例月经过多患者，经辨证皆为脾虚不统血，其中一例服健脾益气数十剂无明显好转，后经西医检查为子宫肌瘤，手术切除后即获根治；而另一例属脾虚者，服中药十余剂月经过多即愈，上一例运用中医辨证并无错误，说明异病同治对接触疾病的本质，客观上有阻碍作用。