体外压力增加时，血液和机体组织受到的压力也相应增加，但有些含有空气的器官，如肺和气管就不一定是这样。在用潜水头盔深水供氧时，肺和气管自动地与外部压力保持平衡。
潜水时用的面罩或护目镜内的空间也会有压力变化。面罩内的压力与鼻呼出的气体压力相等，与外界保持平衡。但护目镜内的压力就不可能相等；里面的压力较低，压力作用在双眼上像吸杯一样。压差使眼球表面附近的血管扩张、渗液，最后破裂和出血。潜水员运用控制下潜期限来防止压差造成的影响。
中耳内也能产生压力差。如果连接中耳和咽喉的管道（耳咽管）在打呵欠或吞咽时不能正常开张，中耳的压力比外耳压力低（见第212节）。分隔中耳与外耳的耳鼓膜受到的压力增加，向内凹陷，到压力足够大时，就可能导致鼓膜破裂，引起疼痛和听力损害。鼓膜破裂通常可以愈合，但如有感染则不易治愈。
如果鼓膜破裂时，潜水员未戴头盔在冷水中潜水，冷水从裂口灌进中耳，引起严重眩晕（见第63节，第212节）、定向力障碍、恶心、呕吐，最后可能导致淹死。当进入耳内的水温达到体温时，眩晕减轻。
中耳的压差可以影响内耳，内耳是负责听力和平衡的器官，这种压力差有时造成潜水员从水下开始上升时感到眩晕。很少在中耳和内耳之间发生破裂，流入液体。鼓膜破裂需要立即修补，防止造成永久性损伤。
佩戴耳塞，在耳塞与鼓膜之间形成密闭空间，导致压力差。因此，潜水时禁止用耳塞。
气压差对鼻窦也可能造成类似的损伤，引起面部疼痛或头痛。充血妨碍了中耳和鼻窦的压力平衡，减充血剂可暂时缓解鼻道、耳咽管或鼻窦的阻塞。如果反复潜水，又未能保持压力平衡，常常会造成气压损伤。