孕期用药对发育中的胎儿和新生儿有副作用，可卡因和阿片是两种违禁药品，这两种药可引起严重的问题。
可卡因可收缩血管，升高血压。孕期母亲使用可卡因可导致流产，孕早期使用可卡因可引起出生缺陷，包括肾、眼、脑和肢体畸形。可卡因成瘾的母亲分娩的婴儿可能有低体重、身长矮小和小头。
阿片同海洛因、美沙酮和吗啡一样，很少引起出生缺陷，但由于阿片可通过胎盘，小儿可能生后对其成瘾。撤药的症状往往在生后72小时内出现，撤药症状包括易怒伴极度的哭闹、烦躁不安、肌肉僵硬、呕吐、腹泻、多汗、呼吸快和抽搐。轻度的撤药症状通过包裹小儿、多次喂奶可减轻烦躁。症状严重可用小剂量的阿片酊治疗。当症状消失后，在几天到几周内逐渐减量、停药。
母亲孕期也常同时滥用几种其他药物。母亲孕期滥用药物分娩的婴儿，应该被保健机构和社会服务人员密切随访，有些婴儿存在需特殊注意的畸形，而另一些婴儿如胎儿酒精综合征，有发育迟缓。这些婴儿应该进行评估并在婴儿早期发育阶段接受治疗。到学龄期，还需进行特殊教育。
母亲滥用药物的婴儿应被社会服务机构的当地部门追踪。母亲滥用药物或成瘾以及相关的生活方式使婴儿置身于一个被虐待和漠视的危险境地。