新生儿的喂养和大便问题通常不是病理性的，一般能自行缓解或通过调节日常饮食解决。
溢奶和呕吐
婴儿在喂奶时或吃完奶不久拍背时，常常溢出少量牛奶，这是正常现象。吃奶太快，咽下空气也可溢奶，改用坚硬的、带小孔奶头的奶瓶可减少溢奶。在喂奶过程中不时地拍打小儿背可减少溢奶。即使采取最佳的喂养方式，喂奶过量也可引起溢奶。正常情况下可有持续少量溢奶。
此外，大量呕吐为病理性的。反复喷射性呕吐提示有胃幽门梗阻或狭窄。小肠梗阻呕吐物常常含有黄绿色的胆汁，应引起医生重视。某些代谢性疾病如半乳糖血症（血中乳糖水平高）可引起呕吐。如果呕吐伴发热和／或嗜睡提示感染。
喂养不足
婴儿吃饱后常常变得很安静或很快入睡，未吃饱的婴儿在进食后不安静或进食后1～2小时仍不睡，有饥饿感。如果在头4个月内每周体重增长低于200～250g，为体重增长过少，提示喂养不足，喂养不足偶尔也可引起死亡（见第257节）。
为了解有无喂养困难或严重疾患，医生应向父母了解婴儿的喂养情况。体重增长不足的母乳喂养儿，应连续数次测量喂奶前后的体重，以准确地估计摄入的奶量，人工喂养的小儿可增加配方奶的总量。
喂养过量
成年后的肥胖问题有时是始于婴儿期的喂养过量。同样，父母肥胖，婴儿也可能肥胖。如果父母都肥胖，婴儿有80％的可能性肥胖。参照标准生长曲线，如果体重增长过快，控制体重的增长速率是有益的。
腹泻
新生儿每天排便4～6次，母乳喂养儿排便次数更多，大便呈泡沫状，尤其是在添加辅食前。如果婴儿有食欲不振、呕吐、体重下降、体重不增或血便应加以注意。
细菌或病毒感染可引起突发的严重腹泻，感染常常是小婴儿急性腹泻最常见的病因。持续数周或数月的轻度腹泻，常怀疑以下几种情况：粥样泻（肠吸收不良综合征）、囊性纤维病、糖吸收不良综合征和过敏性疾病。
粥样泻 是一种遗传性疾病。麸质，小麦中的主要谷类蛋白，在小肠粘膜内引起过敏反应，导致食物中的脂肪吸收不良（见第110节），患儿有吸收不良、食欲不振、苍白、浮肿、大便恶臭。该病患儿应禁食麦类食物。
囊性纤维病 是一个影响全身多个器官包括胰腺的遗传性疾病。胰腺囊性纤维化后不能分泌足够的酶来消化蛋白质和脂肪，引起大便中大量的蛋白质和脂肪丢失，继发营养不良和生长缓慢，大便多且恶臭。胰腺提取物口服替代可改善症状。
糖吸收不良 是小肠缺乏某种酶不能消化特定的糖从而引起糖吸收不良，例如，乳糖酶缺乏不能消化乳糖。酶可能先天缺乏或继发于小肠感染而暂时不足。这种婴儿只有在饮食中去掉乳糖才不会发病。
少数婴儿对牛奶过敏出现腹泻、呕吐、血便，当用大豆配方的奶制品取代后症状很快消失，再进食牛奶又可能重新出现症状。有些婴儿不能耐受配方奶，也不能耐受豆制品。婴儿一般不会对人乳过敏。
便秘
由于婴儿大便的次数变化较大，因此很难准确定义便秘的含义。同一婴儿可能一天大便4次，而有时又可能两天才大便1次。
多数婴儿排便硬或大便量多会有轻微不适，而某些婴儿排软便时反而哭闹。3个月以下的婴儿肛门轻度狭窄，引起排便费力和大便变细。医生通过一个指套检查肛门可作出诊断，扩张肛门1～2次常常可以缓解症状。
大块粪便可能撕裂肛门（肛裂）。肛裂可引起排便疼痛和少量便血。医生用肛门镜可观察裂口。婴儿肛裂一般无需治疗可很快愈合，可使用温和的大便软化剂以便肛裂愈合。
便秘持续存在，尤其是在生后一个月内就出现的便秘，可能提示有比较严重的疾患存在，这些疾患包括先天性巨结肠（神经支配异常，巨大的大肠）或甲状腺功能低下。