妊娠期常出现甲状腺疾病。甲状腺素水平过高常常由甲状腺功能亢进或甲状腺炎引起（见第145节）。甲状腺功能亢进是由一种抗体刺激甲状腺，产生过多的甲状腺素引起。这些抗体可以通过胎盘，促进胎儿甲状腺的活性，引起胎儿心率加快（每分钟160次以上），生长减慢。有时，甲状腺功能亢进可以产生抗体，阻止甲状腺素的产生。这些抗体可以通过胎盘抑制胎儿产生足够的甲状腺素，甲状腺素过低导致胎儿精神发育迟缓，称之为克汀病。
甲状腺功能亢进的治疗方法很多。一般服用最低有效剂量的抗甲状腺药物。用药时要进行仔细的监护，因为这种药物可通过胎盘，阻止胎儿产生足够量的甲状腺素。甲状腺功能亢进在妊娠的最后三个月有所好转，这时，抗甲状腺药的剂量可以减少或完全停用。有经验的甲状腺外科医生可以在妊娠中期（妊娠第4～6个月）切除甲状腺，但该孕妇术后24小时必须开始服用甲状腺素，并终身用药。甲状腺素的用量只够代替正常甲状腺产生的量。因此，不会引起胎儿其他问题。
甲状腺炎是甲状腺的一种炎症，甲状腺轻度肿大。妊娠期由于甲状腺素水平暂时性升高，也可引起一些暂时性的症状。通常不需要治疗。分娩后的头几周，可以突然发生一种无痛性的甲状腺炎，伴甲状腺素产生暂时增加。这种症状可以持续或者加重，有时反复出现甲状腺素短暂升高。
妊娠期引起甲状腺素水平降低的最常见疾病之一是桥本甲状腺炎（见第145节），常常由一种阻止产生甲状腺素的抗体引起。其治疗类似于甲状腺功能亢进。有时在孕期桥本甲状腺炎的病程可暂时改善。但甲状腺素水平过低的孕妇应补充口服甲状腺素。几周后测定甲状腺素水平，以便调整用药剂量。随着妊娠进展也需要调整剂量。
在分娩后头6个月内，有4％～7％的妇女发生甲状腺功能障碍。这些妇女常有甲状腺疾病的家族史、糖尿病或者她早就有甲状腺疾病，如甲状腺肿大或桥本甲状腺炎，这些疾病都特别容易发生产后甲状腺功能低下。妊娠后出现的甲状腺水平过低或过高是暂时性的，但需要治疗。