妊娠期常见泌尿道感染，可能因为长大的子宫压迫输尿管减慢了流向膀胱的尿流速度，增加了细菌在泌尿道停留时间，从而增加了感染机会。感染增加了早产和胎膜早破的危险。有时膀胱或输尿管的感染可以上行扩散，引起肾脏感染。用抗生素治疗。
有些感染疾病可以危及胎儿。风疹（见第247节）是一种病毒感染。风疹病毒最主要的危害是引起胎儿先天畸形，特别是心脏和内耳畸形。巨细胞病毒感染（见第188节）能通过胎盘损害胎儿的肝脏。弓形体感染（见第184节）能损害胎儿的大脑，猫和猫粪可传播弓形体病，孕妇应避免同猫和猫粪接触。除非将猫一直严格限制在室内，不让它与其他猫类接触。传染性肝炎（见第118节）在妊娠期危害性较大，特别是对营养不良的孕妇，胎儿可在妊娠后期受感染，早产可能性增加。
性传播疾病在孕期可能引起感染，衣原体感染也可引起胎膜早破和早产。
人类免疫缺陷病毒（HIV）感染可引起艾滋病，是孕期一个重要问题。感染这种病毒的孕妇大约有1/4会传播给胎儿。在妊娠期应尽可能尽早地为受感染的孕妇用AZT（叠氮胸苷），可使病毒传播给胎儿的机会减少。若胎儿感染艾滋病毒，可迅速发病，病情严重，常在2岁前死于艾滋病的并发症。妊娠好像不会加重母体内HIV病毒感染。
生殖器疱疹（见第189节）在经阴道分娩时，可以传染给婴儿。HIV病毒感染的胎儿，又有疱疹病毒感染可发展成危及生命的脑部感染（疱疹性脑炎）。如果在妊娠晚期，发现有疱疹性皮肤溃疡，通常采用剖宫产术分娩，预防病毒传播给胎儿。