孕激素甲羟孕酮是常用的长效避孕针剂。每三个月在臀部或上臂肌肉注射一次。甲羟孕酮避孕非常有效，但能导致月经紊乱。用药妇女中约有1/3在第一次注射后可能有三个月的停经，另外有1/3出现不规则出血或每月出血时间在11天以上。随着使用时间增加，这些症状逐渐减少，但闭经的发生率增加。在用药两年后，大约有70％的妇女可出现闭经。停药后，大约有一半闭经妇女在6个月内恢复规则的月经周期，3/4的妇女在一年内恢复。
甲羟孕酮有长期的效力，停止注射后一年内生育力不能恢复，但不会使妇女永久不孕。药物使体重稍有增加，还能引起暂时性骨质疏松，但在停止注射后，原来的骨密度又可以恢复。甲羟孕酮不增加患恶性肿瘤的危险，包括乳腺癌，而且还可大大减少患子宫内膜癌危险。很少与其他药物发生相互作用，禁忌证与口服避孕药相同。