机械屏障和免疫系统都能防御机体免受能引起感染的微生物侵犯。机械屏障包括皮肤、泪水、耳道蜡样分泌物、粘膜（如鼻腔中）和胃酸，以及正常的尿流冲刷出上行到尿道中的微生物。免疫系统则较复杂和高级，它的组成成分中有白细胞和能识别和清除微生物的抗体（见第167节）。
各种各样的疾病、药物和其他治疗措施均可能导致机体的自然防御功能的破坏，进而导致感染，这种感染可由体表或体内原本无害的正常存在的微生物群引起（见第171节）。
【危险因素】
严重烧伤患者由于损伤的皮肤形成可供有害微生物入侵的开放性创面，而具有高度的感染危险。同样地，施行能减弱防御屏障的操作，同样也增加感染的危险。这种操作包括尿道插管、血管插管和肺内插管。许多药物也能抑制免疫系统，包括抗癌药物（化疗），移植后预防机体排斥的药物（如硫唑嘌呤，甲氨蝶呤或环胞菌素）及皮质类固醇类药物（如强的松）。
艾滋病患者对某些感染的防御能力显著下降尤其是在疾病晚期，这些患者具有易患机会性感染的危险，这种感染在免疫系统功能正常者一般都不会发生。一些很常见的感染如疱疹对他们也会造成严重的威胁。
感染通常在老年人较年轻人更易于发生也往往更严重，这可能系随着年龄增高，机体的免疫系统功能也在下降所致。许多慢性疾病也更常见于老年人，如慢性阻塞性肺炎、癌症和糖尿病，这些病症同时也使感染机率增加。此外，老年人更易入住医院或疗养所，而在这些地方发生严重的感染的危险较高。在医院内，由于广泛使用抗生素而使得耐药性微生物泛滥，这些微生物导致的感染比在家中获得者更严重也更难以治疗。
使用抗生素清除致病微生物实际上有可能增加患者发生感染的危险。有时抗生素不仅杀死有害细菌，也会杀死皮肤正常菌丛或肠内对人体有用的菌群，之后真菌或耐药菌会使机体发生第二次感染。二重感染更易发生于幼小或年老患者以及有慢性疾患或不治之症的患者。二重感染也可发生于使用多种抗生素或广谱杀菌抗生素的患者。
【预防和治疗】
有一系列的措施可被用来保护感染的高危人群，洗手就是最有效的方法。防止交叉传染的另一种措施则是：易感者可被隔离于医院中一间有密闭门的私人病房。为进一步减低感染危险，探视者在进入患者病房之前需更换清洁的外套，洗手，戴面罩和手套。
抗生素除了能通过抑制某些细菌生长和促进另一些更快生长而增加感染的危险外，如果能正确使用也能显著降低感染的危险，被称为预防性使用抗生素。在许多手术前，尤其是腹部手术和移植术前，均要预防性使用抗生素。
疫苗也能预防感染（见第172节）。感染的高危人群尤其是老年人和艾滋病患者，应接受所有需要的疫苗以降低这种危险。在自动免疫中，通过口服或注射疫苗，使机体产生抗体（即特异制造的蛋白质以清除特异的致病菌）。疫苗也用来预防或减轻一些疾病的发作，如流感、肺炎双球菌感染、水痘、带状疱疹、甲型肝炎、乙型肝炎、麻疹和风疹。在被动免疫中，通过注射抗体建立起及时的短时的保护。当免疫系统不能产生足够的抗体以保护机体免受感染时，或需要及时的保护时如暴露于肝炎病毒之后，被动免疫就特别有用。
由于二重感染或机会性感染常常对大多数抗生素耐药，因此治疗可能非常困难，需要给予长期治疗。采集感染者的血液或组织标本送往实验室进行分析，鉴别感染的微生物，以协助医生确定哪种药最有效。直至最有效的药物被识别出来后，医生才进行最佳的估计并开始用抗生素进行治疗。对严重感染，常多种抗生素联合应用。极少数白细胞水平极低的患者需要输注白细胞。
特殊感染
防御功能损害的患者为多种感染的高危人群，包括（但也不仅限于）诺卡放线菌病、曲霉菌病、毛霉菌病和巨细胞病毒等特殊的感染。