作为植物的一种，真菌包括了霉菌和蕈类。多种真菌的孢子在环境中无处不在，空气中就常常悬浮着这些孢子。在落到皮肤上或被吸入肺部的各种各样孢子中，有的能引起轻微的感染，仅在罕有的情况下才播散到身体其他部位。少数几种真菌，如念珠菌的多数菌株能在人体体表或肠道内正常存活。这些正常机体定居者仅偶尔引起皮肤、阴道或口腔的局部感染，而少有更多的危害。但是，某些真菌株有时可导致肺部、肝脏或身体其他部位的严重感染。
对免疫系统受损的人来说，真菌特别易于引起感染。例如，艾滋病患者或正接受抗癌治疗的患者更易于发生严重的真菌感染。有时，有免疫受损的人发生某些种类真菌的感染，这些真菌很少感染免疫正常的人，但如果发生也会引起损害，如毛霉菌病和曲霉菌病（见第188节）。
有些真菌感染在某些地区更常见。如在美国，球孢子菌病总是无例外地发生在西南部；而组织胞浆菌病则常见于东部和中西部，尤其在俄亥俄州和密西西比河流域。芽生菌病却仅见于北美和非洲。
因为大多数真菌感染发展缓慢，往往经过数月或数年以后患者才意识到需要检查和治疗。这些感染可能很难处理，并常常需要长时间的治疗。抗真菌药有多种类型可供选用（见第173节）。
发生真菌感染的危险因素
抑制免疫系统的治疗
·抗癌药物（化疗）
·皮质类固醇和其他免疫抑制剂
疾病和病情
·艾滋病
·肾衰竭
·糖尿病
·肺部疾病，如肺气肿
·霍奇金病或其他淋巴瘤
·白血病
·大面积烧伤