抗真菌药可以被直接用于皮肤及其他体表的感染，如阴道和口腔内，抗真菌药亦可口服或注射。
一般说来，抗真菌药较之抗生素引起更多的副作用。抗真菌药一般效果也较差，以致真菌感染难于治疗。常常成为长期持续感染（慢性）。抗真菌药常常用至数周并须重复使用。