一个健康人同在其身体的特别部位上固定的正常微生物群协调地共同生活。这种占据在人体特定部位的正常菌群，被称为常住菌群。不仅不引起疾病，常住菌通常还保护人体免受病原菌的侵犯。如果这种协调被打乱，常住菌能努力重建其自身的位置定殖。微生物定殖在宿主数小时或数周而不能永久性定居者，称为暂住菌。
环境因素——如膳食、环境状况、空气污染和卫生习惯可影响一些菌种成为人体常住菌。例如，乳酸杆菌是摄入大量乳制品的人肠道中普遍生活的常住菌，而流感嗜血杆菌则通常定植在有慢性阻塞性肺疾患病人的气道。
在某种情况下，作为机体常住菌的一些微生物亦可引起疾病，如化脓性链球菌可以寄居在咽喉部而不引起危害，但当机体防御能力减弱或链球菌为特别的毒株，它就可引起链球菌咽峡炎（喉部感染）。类似地另外的一些常住菌亦可因宿主的防御屏障被破坏而得以侵犯机体引起疾病。例如，患有结肠癌的病人，就易于受到正常生活在肠道的细菌的侵犯，这些微生物能经血播散和感染心脏瓣膜。接触大剂量的射线亦能引起这些微生物侵入机体并引起全身性感染。