当出现肾功能衰竭时可选择透析，而肝功能衰竭则无类似的疗法，肝移植是唯一的选择，但有些可以从肝移植受益的患者可能在未找到合适的肝脏之前已经死亡。
虽然肝移植的成功率比肾移植低一些，但70％～80％受者可存活1年以上。大部分存活的受者是因为原发性胆汁性肝硬化、病毒性肝炎、药物性肝炎导致肝脏损坏而进行移植。肝癌患者，肝移植很少成功。移植后肝癌会复发，1年存活率不到20％。
令人奇怪的是，肝移植后排斥反应发生率远低于其他器官移植，如肾脏和心脏移植。然而，移植后仍需使用免疫抑制剂。如果移植后出现肝大、恶心、疼痛、发热、黄疸或肝功能异常，医生应对其活检，活检的结果有助于确定是否发生了排斥反应，是否需要增加免疫抑制药物剂量。