健康人，膀胱内的尿是无菌的，即无细菌或其他感染微生物存在。将膀胱内尿排出体外的管道，即尿道，不存在感染性病原体或仅有极少病原体，不会引起感染。但是，尿路的任何部位都可受到感染，这些感染通常分为下尿路或上尿路感染。下尿路感染指的是膀胱或尿道的感染；上尿路感染指的是肾脏或输尿管的感染。
病原体通常经两个途径之一侵入尿路。迄今为止，最常见的途径为经尿路下端--男性的阴茎端开口或女性外阴的尿道开口，结果是经尿道向上扩散的上行性感染；另一可能的途径是经血源性途径直接感染肾脏。
细菌、病毒、真菌或很多寄生虫均可引起尿路感染。
细菌 下尿路--膀胱和尿道--的细菌感染十分常见。新生儿男性比女性常见，但是1岁时，女孩为男孩的10倍；约5％左右的青春期女性，在某个时期发生过尿路感染，但是青春期男性却罕见；20～50岁的人群中，尿路感染女性约为男性的50倍；50岁以上的人群，两性尿路感染均较常见，较少有性别差异。
85％以上的尿路感染，细菌来自病人自身的肠道或阴道。然而，一般情况下，侵入尿路的细菌由膀胱排空时的冲洗活动被冲刷出体外。
病毒 2型单纯疱疹病毒(HSV-2)(见第186节，189节)感染可波及男性的阴茎，也可波及女性的外阴、会阴、臀部、子宫颈或阴道。若尿道受到感染，可排尿疼痛和膀胱排空困难。
真菌：尿路的真菌(见第185节)感染最常见于留置导尿管的病人，由念珠菌属(引起念珠菌病的酵母)引起。罕见情况下，其他真菌，如引起芽生菌病(芽生菌属)或球孢子菌病(球孢子菌属)的真菌，也可感染尿路。真菌和细菌常同时感染肾脏。
寄生虫 很多寄生虫(见第184节)，包括蠕虫，均可引起尿路感染。疟疾，通过蚊子携带的原虫传播的一种疾病，可阻断肾脏的小血管并迅速破坏红细胞(溶血)，引起急性肾衰竭。滴虫病，也由原虫所致，是一种性传播疾病，病人阴道产生大量黄绿色泡沫样白带。偶尔膀胱可招致感染。男性滴虫病通常无症状，但可引起前列腺炎症(前列腺炎)。
血吸虫病 一种蠕虫感染，可以感染肾脏、输尿管和膀胱，是埃及和巴西居民中严重肾衰竭的一个常见原因。这种蠕虫可引起持续的膀胱感染，最终可能导致膀胱癌。丝虫病，一种线虫感染，若阻塞淋巴管，可引起淋巴尿(乳糜尿)。丝虫病可引起组织极度肿胀(象皮病)，可波及阴囊和双腿。