通过开放式外科手术，更经常的是经皮肤肝穿刺取得肝脏组织供病理检查。肝穿刺可在局麻下进行，超声波或CT扫描可确定病变位置。在大多数医疗中心，肝活检多在门诊进行。
肝活检病人少数可发生并发症，病人在手术后应留院观察3～4小时。并发症主要是肝脏撕裂伤，发生腹腔内积血，胆汁也可漏入腹腔引起腹膜发炎（腹膜炎）。因为出血可迟至15天才发生，因此这个阶段病人应居住在距医院1小时车程的范围内。这些并发症中，大约2％的病人可出现较严重的问题，死亡率为万分之一。肝活检常有轻微右上腹痛，有时扩展至右肩，用止痛剂可缓解。
经静脉肝活检，导管由静脉插入，通过心脏置入肝静脉，导管针经静脉壁刺入肝脏以获得肝组织，此法较经皮肝穿刺活检发生损伤的可能性小，甚至可用于有出血倾向的病人。