大多数小肠肿瘤是非癌性的。少见的恶性肿瘤包括癌、淋巴瘤和类癌。
非癌性肿瘤
小肠良性肿瘤包括脂肪瘤、神经纤维瘤、纤维瘤和平滑肌瘤。大多数良性肿瘤不会引起症状。但是，较大的肿瘤可引起便血，或者，如果肿瘤使某一肠段套入另一肠段，可发生肠绞窄（此病称为肠套叠）。
当病人的症状提示肿瘤可能位于小肠的始段或末端时，可使用内镜观察，寻找肿瘤，并取活检标本作显微镜检查。钡剂造影X线检查能显示整个小肠及肿瘤的轮廓。动脉造影X线检查可用于小肠，尤其是如果肿瘤正在出血时更能检查出来。与此类似，放射性锝注射到动脉后，在X线下可以观察到它是否溢出肠腔之外，如此可定位肿瘤出血。出血定位后，可以进行手术治疗。
小的肿瘤可以通过内镜电切术、热消融或激光治疗术来治疗。对大的肿瘤需要外科手术治疗。
卡波西肉瘤
卡波西肉瘤的一种浸润类型主要发生于非洲人、器官移植病人和艾滋病病人。可在肠道任何部位发病，但通常开始于胃、小肠或大肠远端。虽然病人常无症状，但也可出现粪便中含蛋白质和血以及腹泻。一部分肠段可套入另一肠段，引起肠梗阻并阻断血供，引起急腹症。卡波西肉瘤也可表现为皮肤上出现紫红色斑点。
当高危人群出现症状时，医生就要怀疑卡波西肉瘤的可能。需要用剖腹探查术来诊断发生在肠段的卡波西肉瘤。
治疗方法是行外科切除术。如果发生肠套叠，则需要紧急外科手术。
恶性肿瘤
小肠癌较少见，但是患小肠克罗恩病的患者比无此病者患小肠癌多。发生于淋巴系统的淋巴瘤可发生于小肠中段（空肠）或小肠下段（回肠）。淋巴瘤可使肠段变僵硬或延长。原有腹腔疾病的患者发生淋巴瘤的可能性更大。小肠，尤其是回肠是第二常见的类癌肿瘤发生的部位（最常见部位是阑尾）。
肿瘤可引起肠道梗阻和出血，从而出现便血、腹痛、腹胀和呕吐。类癌肿瘤可分泌激素，引起腹泻和皮肤潮红。
经钡剂造影X线检查、内镜或外科手术探查，可作出小肠癌肿的诊断。最好的治疗方法是手术切除术。