消化道或腹腔内其他脏器的病变都可引起腹痛，如食管破裂、溃疡穿孔、肠易激综合征、阑尾炎、胰腺炎和胆石症。一些疾病相对较轻，另一些疾病则可能是致命性的。医生必须决定是立即采取治疗措施，或者是能够等待检查结果出来后再作决定。
【诊断和治疗】
腹痛的性质和腹痛与进餐或活动的关系可为诊断提供线索。如果家庭中其他成员有某些腹部疾病，如胆石症，则病人可能有相同的疾病。
病人的临床表现能够提供重要线索。例如，黄疸常提示为肝脏、胆囊或胆管的疾病。
医生作腹部体检时，触诊检查有无腹部压痛和肿块。当轻轻加压于腹壁，病人感到腹部压痛；当检查的手突然离开腹壁时，病人感到腹痛突然加剧，称为反跳痛。这一体征提示腹腔的内层发生炎症（腹膜炎）。
腹痛的诊断性检查包括血液和小便化验、X线检查、超声波扫描和CT。当疑诊腹痛的原因是肠梗阻、脏器穿孔或破裂如胆囊、阑尾或肠道、或脓肿时，可施行紧急剖腹探查手术，以尽快明确诊断和进行治疗。
需要外科手术治疗的腹痛
| 引起腹痛的器官 | 需要手术治疗的情况 | 不需要手术治疗的情况 |
| 食管 | 穿孔或破裂 | 胃酸返流和食管炎 |
| 胃 | 溃疡穿孔或出血，胃癌 | 溃疡、胃炎、裂孔疝 |
| 小肠 | 溃疡穿孔、梗阻 | 无并发症的溃疡、胃肠炎、克罗恩病 |
| 阑尾 | 阑尾炎 | —— |
| 大肠和直肠 | 憩室穿孔或梗阻、癌肿、息肉引起梗阻、溃疡性结肠炎、克罗恩病（重度） | 克罗恩病（轻度）无并发症的憩室炎 |
| 肝脏 | 癌肿、脓肿 | 囊肿 |
| 胆道系统 | 胆石症伴胆囊炎或胆道梗阻 | 胆石症，不伴炎症或梗阻 |
| 脾 | 破裂、脓肿 | —— |
| 胰腺 | 胰腺炎（重度） | 胰腺炎（轻度） |
| 血管 | 动脉扩张（动脉瘤）、血管梗塞 | —— |
| 肾脏 | 肾结石 | 感染 |
| 膀胱 | 结石、癌肿 | 感染 |
| 男生殖器 | 睾丸扭转 | 前列腺或睾丸感染 |
| 女生殖器 | 异位妊娠、卵巢脓肿 | 盆腔炎症 |
| 腹膜 | 脏器穿孔所致腹膜炎 | 结核性腹膜炎 |