当人有贫血时，其口腔粘膜显得苍白，不再是健康时的粉红色。纠正贫血后，粘膜将恢复正常颜色。
口腔粘膜出现色泽变化区域，应请口腔科医生检查，因为这些变化很可能是粘液腺疾病或是癌（黑素瘤）变的一种征象。在口腔粘膜各处均可出现白色区域，但这些通常是些可以被擦掉的食物碎屑。如果在这些区域出现红肿，疼痛，而且在擦拭后出血，很可能是酵母菌感染（真菌性口炎）。
口腔粘膜的白色区也可以是一层厚厚的角质蛋白，这种区域称为粘膜白斑。通常角质蛋白是一层坚韧的蛋白质，可以保护皮肤最外层，而口腔粘膜层也有少量分布。有时，口腔粘膜内的角质蛋白也会增厚，尤其是吸烟或使用鼻烟及咀嚼烟草的那些人。
口腔粘膜变红的区域（红斑），可以因口腔粘膜较薄，使血管明显显露的结果。白色或红色区域可以是良性病变，癌前病损或恶性病变。这些病变区应及早请口腔科医生检查。
在颊粘膜或舌侧出现纤细、呈花边网状的白色条纹（扁平苔癣）的人，也可以在皮肤出现瘙痒疹。扁平苔癣可引起疼痛性溃疡，但大多时候并无不适感。
在与后牙相对的颊粘膜上，出现四周为红色边缘、类似白色砂子样的极小颗粒斑疹（科普利克斑），可能是麻疹初期的征象。
刺激或感染可引起腭粘膜色泽改变。长期用烟斗吸烟者的腭部，出现具有白色、水晶状，硬而带有许多红色的斑块，称为烟草性口炎。如果腭部的其他溃疡持续2周以上，应去口腔科医生处诊治。
妇女在与男性进行口交后，从破裂的血管里溢出的针头大小的红色淤斑也可以出现在腭部。这些斑点在几天后消失。但这些斑点也可看作是血液疾病或传染性单核细胞增多症的一种征象。腭部出现红色、生长过快的区域最常见是义齿固位不良或义齿长期戴在口腔内的结果。总的说来，除正畸保持器外，所有的可摘义齿等，在睡觉时都应该取下，清洗后放在水杯里。感染艾滋病病毒的人，或由卡波西肉瘤引起的紫色斑也可出现在腭部。为了减轻腭部的不适和改善腭部的外观，医生应该治疗这类丘斑。
口臭
口臭可以是由口腔自身状况引起的真性口臭和其他因素引起的假性口臭。真性口臭最常是由存留在牙齿之间的食物堆积和引起牙龈发炎、感染和口腔不良卫生状况共同作用造成的。适当的刷牙和用牙线能够去除这种口臭。
含有挥发性油类，例如洋葱、大蒜等食物来的气味，可经血流进入肺脏，然后再呼出。只保证口腔卫生不能除去这些气味。
某些疾病也能产生口臭。肝脏衰竭能放出鼠臭味，肾衰竭产生尿臭味，严重而未控制的糖尿病可呼出丙酮味。肺脓肿可引起严重的口臭。
涎腺疾病
最大的一对涎腺位于下颌角后部和耳的前面，较小的两对涎腺位置深，位于口底处。小涎腺则遍布于整个口腔。
唾液分泌不足时，口腔会感到干燥。由于唾液中能提供某些预防龋坏的天然保护物质，唾液分泌减少时会导致一些龋洞出现。口腔干燥可以因饮水太少、用口呼吸、服用某种药物或者因患有影响涎腺分泌的疾病，例如，斯耶格伦综合征等造成。也有一些人随年龄的增长而口腔干燥。涎腺导管也能因钙盐堆积（结石）而阻塞。导管的堵塞使唾液反流，引起涎腺肿大。肿大的涎腺也可以由细菌引起感染。如果涎腺肿大发生在进餐前，特别是患者吃酸菜时加重，可以确定是导管阻塞所致。其原因是：酸菜汤味刺激唾液分泌，如果导管堵塞，唾液不能顺导管流出而使涎腺肿胀。有时候医生可在导管侧方加压，将结石挤出。如果不能挤出，也可使用细金属丝样的器械套出结石。最终的方法是手术摘除结石。
下唇粘膜损伤，如在咀嚼时可以损害小涎腺并阻断唾液流出。被损伤的小涎腺肿胀，并且形成小的、软而带蓝色的囊泡（粘液腺囊肿）。几周后囊泡可以自行消失，如果囊肿经常复发或者令人厌烦时，应手术摘除。
流行性腮腺炎，某种细菌的感染和其他一些疾病均能引起涎腺肿胀。涎腺的肿胀也可能是涎腺的良性或恶性肿瘤造成。肿瘤引起的肿胀较感染引起的肿胀硬些。如果肿块是恶性的，可以感到像石头一样的硬。
结石阻塞导管引起涎腺的感染和炎症远较涎腺发生肿瘤多。无论怎样，涎腺的任何一种肿胀都应引起关注。可以用针吸涎腺组织标本作病理学检查，以确定肿胀的原因。