大脑的最外层（大脑皮质）损害常导致思维能力下降，情绪及行为异常。由于大脑皮质特定的区域与某些特定的功能有关，所以不同部位的损害产生不同的功能障碍。
额叶损伤
大脑额叶皮质主要控制后天的运动技能（如书写、演奏乐器、系鞋带等），也调节面部表情和姿势。额叶某些区域还控制对侧肢体的随意运动。
额叶损伤对行为的影响取决于损伤的大小和部位。很小的、局限于一侧的损伤尽管常导致癫痫，但对行为的影响难以觉察。额叶背侧大面积损伤表现为淡漠、注意力丧失和小便失禁。额叶前部和外侧部的损伤表现为注意力涣散，欣快感，易激惹，行为粗鲁无礼，意识不到行为的后果。
顶叶损伤
大脑皮层的顶叶通常整合物体的外形、质地、重量等印象而形成总的感觉。数学及语言技能也与顶叶有一定关系，但和与颞叶相邻的区域关系更为密切。顶叶也可以帮助人们确定身体的空间位置。
顶叶前部小的损伤可引起对侧肢体麻木，较大的病灶会导致不能完成连续的动作（医学上称为失用）和不能辨别左右（定向障碍），或者导致患者不能辨认自己的身体的某些部位或自身周围的空间，甚至不能辨认熟悉的事物如闹钟等。顶叶某些部位突然损害的结果，使患者无法认识自身的疾病状态，忽略甚至否认肢体瘫痪。意识模糊或谵妄，以及无法独立完成穿衣或其他日常琐事也不少见。
颞叶损伤
经历过的事件通过颞叶加工和处理成为近记忆或长期记忆。颞叶领会声音和图像，贮存和回忆记忆信息并产生情绪反应。右侧颞叶损伤会影响到对声音和形态的记忆。左侧颞叶损伤会影响到对语言的理解，并最终影响语言的表达。非优势侧颞叶（一般为右侧）损伤会影响人格，如缺乏幽默感、迷信、性欲丧失等。