磁共振成像(MRI)使用高强度的磁场来产生清晰的心脏和血管图像。但在心脏病诊断上，这种非常昂贵、复杂的高技术仍处于发展阶段。
检查中，将人体置于一高磁场内，导致体内的原子核发生振动，从而产生特征性信号，通过电子计算机将这些信号转换成二维和三维图像。通常不需要对比物质(一种不能透过射线的染料，即造影剂)。不过，偶尔静脉注射类磁对比剂有助于确定心肌组织内的缺血区域。
但是，较之CT，MRI成像费时较长。且由于心脏处于运动当中，MRI在心脏的图像不甚清晰。另外，在MRI检查时，由于必须躺在巨大仪器的一狭小空间中，因此，有些受检者出现幽闭恐怖现象。