药物的不良反应可以分为两种主要类型。第一类是反应超过了药物已知的和希望发生的药理或治疗效应。例如，服降压药的病人如果血压降得太快可能感觉眩晕或头晕，如果胰岛素或降糖药过度降低血糖，糖尿病患者可能感到无力、出汗和心悸。这类不良反应通常是可预测的，但有时是不可避免的，如果药物剂量过大，病人对药物异常敏感或另一种药降低了第一种药的代谢可增高其血药浓度，可以发生不良反应。
另一类不良反应目前机制不明。这类不良反应难以预料，以至医生对有相似反应的病人都小心翼翼。这类不良反应包括皮疹、黄疸(肝脏损害)、贫血，白细胞计数下降、肾损害和伴随视觉或听觉损害的神经损伤。这些典型反应只在极少数人中发生，这些病人可能因为在药物代谢或机体对药物反应方面的遗传差别，而引起药物过敏或对药物的超敏感(高敏性)。
有些药物的不良反应不宜归在上述两类，这些不良反应通常已能预料，其机制也很清楚，例如长期服用阿司匹林或其他非类固醇抗炎药，如布洛芬、酮洛芬和萘普生的人常出现胃部激惹和出血。