黄氏对《内》、《难》两经和仲景学说，深入探索。而对李东垣、叶天士蓍作，钻研尤勤。在学术思想上，突出人以胃气为本，强调调整脏腑之间升清降浊的功能，以及把握阴阳五行相互制约、相互依存的关系。在临床时非常重视调理脾胃。其处方用药，不尚矜奇炫异，常挽逆证于轻灵之方，起沉疴于平淡之剂。故为同道和学生所称颂。
黄氏认为：“脾胃乃后之本，为气和血生化之源。 久病体质虚弱，如治疗不当，可积虚成损，在治疗外感内伤疾病中，必须时时注意照顾脾胃。具体地说。不能一见热象，就轻易用黄芩、黄连、大黄等大剂苦寒克伐，以免损脾胃；也不能一见阴血不足，不考虑脾胃的接受能力就随便用熟地、阿胶等腻补之品，以免影响脾胃运化功能。"又说：“久病不愈，与脾胃关系最为密切。常见肝病患者，脾亦受病。《金匮要略》‘ 肝病传脾 ’的理论，有正确的指导意义。至于‘见肝之病，不解实脾，惟治肝也’，这是缺乏整体观念的表现，因此，不能达到不满意的疗效。”黄氏指出：“此外，脾与他脏关系，在治疗上亦甚密切。如肺病可以用健脾养肺之法，合水谷之精微上输于肺，肺气充沛，足以控制病情的发展。如肾病可以用健脾制水之法，肾脏元阳，赖谷气充实，使阳生阴长，水能化气，正气胜而病邪自却。心病可以用补脾生血之法，增强供血来源，使血液充足，循环通畅，而心神得以安宁。”他认为，东垣用药偏于温燥升补，对胃失降和、胃阴耗伤等疾病，还有不足的一面，因而赞同叶氏提出的“脾喜刚燥，胃喜柔润”、“脾宜升刚健，胃宜降则和”的理论。黄氏之重视脾胃，源于东垣，而又不拘泥于东垣，取李、叶两家之长，在临床实践中灵活地运用，从而取得较好瘾疗效。